这么做有两个目的，一是为了报复商船船长，因为很多海盗曾经都是商船上的普通水手，可能就是因为受不了船长和船主的欺压才下海当了海盗，如今他们掌握了武力，很乐意报复曾经高高在上的“船长阶级”。第二个目的则是为了胁迫商船上的水手，让其加入到海盗的队伍中来，因为一旦有水手揭发了船长的所作所为，让其受到了惩罚，那么就相当于是犯了法交了投名状，再也不能搁商船上工作了，只能加入海盗的行列，对于这种人，海盗们非常欢迎。而除了船长和大副等头目有一定的人身危险外，商船上的其他船员并没有生命危险，不过有些船员会被海盗强制掳走，一种是富豪，这是为了勒索赎金，一种则是有技术的人，如船医、木匠、铁匠等，这些人身上的技术是海盗们所急需的，尤其是船医，因为当海盗就意味着整天要与暴力为伍，受伤是经常的事，有了船医就相当于多了存活的机会。
海盗们都急缺船医，因为医生的生活条件和社会地位比普通人高的多，所以很少有医生会主动加入海盗团，所以海盗们会胁迫商船上的船医或是其他有技术的人加入到自己的群体中来，有的是终身，有的则约定工作几年后就放船医自由，还给予“高薪”补偿。如今流传于世关于海盗的第一手资料，很多都是由当初遭遇胁迫的船医们记录留存。一般情况下，当商船选择投降后，很少有海盗会残杀投降者，因为这是很一件砸牌子的事情。海盗今天屠戮了投降者，那么这件事宣扬出去后，其他商船再遇到海盗就不会选择投降了，而是会奋起反抗！因为反正投降是死，不投降也是死，还不如拼一把，这就给海盗的抢劫行为增加了危险和成本。当在商船上完成了抢劫之后，海盗们会对商船进行一次检验，如果船况一般，那么商船会还给商船船员们，而如果是条不错的船，那么海盗会把商船留下，将其改造成自己的新战舰，原本的海盗船要么留下，要么就会交给剩下的商船船员们，另外海盗们还会留给他们一些食物和饮水，甚至是一些不值钱的商品（装不完），之后就会放了他们。一些海盗舍不得船，会把商船上的船员扔到港口附近，一些比较残暴的海盗则倾向于将商船船员们扔到航路附近的海岛上，让其等待路过船只的救援，然后把用不到的船凿沉或是炸毁、烧毁取乐。
遭遇海盗后的第三种局面——愤然反击。
商船遭遇海盗船的第三种局面最为暴力，当商船意识到无法逃脱海盗船的追击，又不想将生命和财产交给海盗时，就会决定拿起武器誓死不降，真刀真枪的跟海盗干一场，反正大航海时代的商船都是武装商船，当时的商船上若是没有武器反而才是件不寻常的事情！大家又都是在海上讨生活的汉子，既然有枪有炮，不想将自己的生命和财产交给海盗的商船船员们会鼓起勇气与海盗拼斗一场，最好的结果是将海盗击溃，或是让海盗知难而退。在很多时候，商船都比海盗船都要大一些，在体型上有一定的优势，但是海盗船更加灵活，同时为了战斗，海盗船的载货空间会被降低，转而增加大炮的数量，而大炮就是海战中最强大的武器，能够决定战斗的胜败，所以海盗们总是会在保证船速不被大幅度降低的基础上，尽可能的在船上装载更多、更大的火炮。另外，为了提高武力，海盗们还会携带更多的刀剑、枪支和炸弹，与之相比，商船上的武器数量就要远远小于海盗们了。而除了大炮和枪支弹药的多寡会影响战斗的胜败以外，船员数量的多少也是决定战斗胜利与否的重要因素。一般情况下，除了移民船或是客船外，普通船只在船员数量上并不比海盗船占优势，因为商船出海是为了赚钱，它会尽可能的降低船员数量，以压缩航运成本。而海盗则是以抢劫为生，平时也没有工资拿，只有抢劫才有钱花，因此成本比商船低很多，所以即使是同样大小的一艘船上，商船可能只会承载三四十个水手，但海盗船上却能塞进一百多个海盗，这也是为何一些大型双桅或三桅帆船即使遇到驾驶单桅帆船的海盗船时也会转身逃跑避免争斗的原因，因为即使是单桅帆船，其上面也很有可能塞进了一百多个穷疯了的海盗。战斗人数的多少将决定海战的胜负，在大航海时代，大炮大多只能发射实心弹、链弹或是霰弹，所以很难光凭大炮就将一艘木制帆船击沉，并且海盗劫船的目的是抢劫商品财物，而不是杀人或是把商船击沉。因此在大多数时候，不管是私掠船、军舰还是海盗船，当遇到反抗的猎物时，往往会先发射几轮大炮，将商船上的炮位和反抗者打垮，恐吓其投降，然后迅速接近商船，让大量海盗通过跳板或是绳索跳荡到商船甲板上进行战斗，以降伏船上的反抗者，最后再劫掠商品或金钱，这就是大航海时代海战最主要的一种战斗方式——接舷战。因为武器和人数的差距，商船往往需要付出极大的努力和代价才能击退海盗袭击，而在很多时候，商船的反击并不能改变最终的结果，它们还是会被海盗所降伏，当到了这个时候，商船上的船员们就陷入了极大的麻烦当中。
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