所以，大明最后出于人道注意，以及谈判和未来约束的需要，也只是暂时留下普通士兵的生命，毕竟对方最后停火投降了，如果全杀光的话，当初激起反抗，大明也得死更多人。
无故大量杀俘，也容易导致其他国家将来跟大明作战死战到底。
所以，不能无差别杀，只能审判某些人的战争罪行。
最后曼努埃尔总督和保拉少将，都作为四年前屠戮的罪魁祸首、指挥发起者，被大明公开审判后，明正典刑腰斩。
其他获罪军官士官累计二百余人，不是当初犯有指挥屠杀的罪行，就是有主动扩大劫掠杀戮的行径，分别依照罪行轻重处以斩刑或终生苦役。
把这些人处理完之后，郑成功才释放了一条最为轻快的西班牙战船，以及百余名俘虏作为水手，允许他们带几个西班牙文职人员回国报信，跟大明进行停战谈判。
郑成功的举动，着实让一些部将不理解：“公爷，为什么不把这些人斩尽杀绝？跟这些金毛蛮夷还有什么好谈的？直接把地占了就是了呗。他们不服敢打回来，那就跟他们死磕到底，反正他们增援要四万里，来了也是以逸待劳有多少杀多少！”
郑成功却脸色凝重，很是求稳：“事情没你们想得那么简单，能长治久安当然要争取。而且王爷希望维系我大明在天下的声望，不让人觉得我大明是肆意征服土地的蛮夷，我们都师出有名，不过这也不是最重要的。
荷兰人和英吉利人、罗刹人在侵占土地方面一样不要脸，他们只在阳光下各国盯着的地方收敛一点，没人看到的地方卑鄙无耻至极。
最重要的，还有第三点：西班牙人在美洲海量挖掘开采的金银，至今还远远没有枯竭。我大明此前每年从贸易中所得的欧美白银，何止千万两？若是彻底把菲律宾这条线断了，以后就只有我大明自己去卖货，或者等荷兰人上门。多一个竞争对手的话，荷兰人也不好压价。
菲律宾此地，吕宋岛是最值钱的，当然要全部拿下，吕宋周边各地也要拿下，如此我大明从大员到吕宋之间的海峡两端，才彻底握于己手。
但菲律宾南部诸岛，有些蛮荒之地既无矿藏，也无航运港路价值，炎热又更甚于吕宋。唯有跟西班牙人明确谈判，跟他们划清边界。则其他能拿下的各岛，才不用我们去一个个清剿土着。还能留几个点勾引西班牙人继续来贸易，继续把美洲金银往这里送。这都是出战之前，摄政王就交代过我的高瞻远瞩。”
刘国轩陈近南等人没想到这么深远，当下闻言也就不再多说，任由国姓爷操心。
而此后数年，随着西班牙人认栽，割地换取释放俘虏，并且承认曼努埃尔总督此前的屠戮罪行罪该腰斩，不再与大明争竞。
也承认了大明接受了马尼拉城内的西班牙府库金银积蓄，作为战争赔款和此前屠戮的赔款——而当郑成功最后打开马尼拉府库的时候，饶是他本就富可敌国，看了那儿存留的金银，依然是差点惊掉了下巴。
马尼拉的殖民当局金库里，一共起出了超过40吨重的黄金，还有超过1500吨的白银，也就是分别折合大明这边近百万两黄金和三千多万两白银。
拿了那么多金银珠宝，大明对于释放剩余俘虏也就没什么排斥了。
双方最后谈妥，留下菲律宾的宿务岛及以东以南几个岛给西班牙，便于西班牙将来继续来菲律宾进货大明的出口物资，多拿真金白银来做生意。
这也是看在宿务岛是当年麦哲伦本人发现的，而且麦哲伦最后是在宿务岛被土着杀了。大明摄政王要彰显他对于科学家和地理发现者的尊重，就当是千金市骨了，
摆出一个“看在麦哲伦的面子上，让西班牙保留宿务岛东南，大明只取宿务岛西北各岛”的姿态，这样的消息传到欧罗巴，也能进一步吸引欧罗巴先进学者的向心力，对大明抱有更多期待在，这可比区区一个西班牙多割几个远离航道还没矿的原始岛屿有价值。
按照这个分割，大明事实上也占有了后世菲律宾超过七成的土地，只把东南角四分之一的菲律宾丢给了西班牙继续来送钱。
双方的外交谈判，最终拖到小康十年才第一次接洽，到小康十二年才签订停战条约，这也是没办法的事情，谁让海船往返一趟就要开差不多两年，
这还是大明这边主动派出了全权使者谈判，可以帮着朱树人和朱慈煜直接远程拍板，才能压缩到这个速度。
而西班牙人也是看在谈判结束后大明才会放人俘虏的份上，不得不尽快谈妥。
至此，大明在南洋方向的军事动作，才算是彻底进入了消停之年。而随着大明第二个七年计划进入快速种田期，大明的下一个敌人，显然要挪到大西北的方向了。
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