此时，李自成北线还没进犯太原，东线也还没打开封，所以崇祯接到朱树人的捷报和请示时，北京城内的氛围还是非常澹定的。
虽然，从山西经河南中转后、传入河北的鼠疫，也在差不多同一时间抵达了北京，但刚开始染病死亡的人数还不多，还需要一两个月的时间慢慢扩散爆发，
所以深宫中的崇祯对于京城的鼠疫还毫无察觉，那些高高在上的达官贵人，也还没看到身边有人死于鼠疫。八月底乃至九月上半段，北京城里的鼠疫患者，都还集中在生活环境最脏乱差的穷人当中。
大散关大捷的消息，很快按照正常流程，传递到兵部尚书张国维和内阁首辅周延儒处，两人时隔数月难得又有一个捷报，当然是立刻送到崇祯面前。
“曹变蛟在大散关、宝鸡县大破闯贼袁宗第部数万？斩首万余级？真是天佑我大明，看来闯贼在朱爱卿手下，也讨不到好处嘛！
原先只恨朱爱卿分身乏术，不能同时应付闯贼张逆！看来国势最艰难的岁月，很快就能熬过去了！”
崇祯感慨完之后，张国维例行公事地请示：“陛下，那此番曹变蛟如此军功，可要照常升赏？臣觐见之前，查询了一下老例，曹变蛟积功已深，荣衔也不少，似乎该从五军都督中择一加衔。另外，此战还有其他相关立功人员……”
崇祯想了想，又看了看旁边没敢发表意见的周延儒，便主动决断了：“曹变蛟该如何赏赐便如何赏赐，兵部按成例即可。
朱树人么，毕竟曹变蛟刚去汉中，他只是帮着筹粮运送军械，仗又不是他的兵马打的，这次就免了吧——这次回来的使者，本来就是三个多月前派出去、加封他为克虏侯的，结果回来复命时，就又带来捷报。
要是每有捷报都给朱树人升赏，朝廷哪还有那么多官职爵位可给。再说只是击败一次袁宗第而已，哪天等他擒了孙可望，或者大败李自成本人，再提升爵吧！”
张国维和周延儒都没有质疑，就按照这个吩咐了下去。这事儿后来流传开来，却也对京中不少官员摇头叹气，觉得这皇帝实在是吝惜封赏，刻薄寡恩。
虽然崇祯是真没办法了，朱树人太年轻升太快了。
此后一个月里，最初二十天，一切如常，毕竟当时太原都还没丢呢，开封虽然刚刚丢，但当地的官府早已崩溃，真实确凿的消息也难以立刻传出，基本上要到商丘也被攻破时，急报才会让北京警觉。
这二十天里，唯一的变化，只是鼠疫在进一步扩散，终于从最脏乱差的贫民窟，向有钱的市井商业区蔓延。顺天府也开始陆续接到急报，着手让有司负责处置。
九月二十六，商丘和太原破城前夕，京城的崇祯又收到了一封地方上的奏报，这次不是朝廷派去四川的天使带回来的，而是朱树人主动派人上奏。
朱树人在奏章中提了一个事儿，说是汉中地区的军民中出现了鼠疫迹象。
疑似是从山西调防来汉中的曹变蛟部带来的，川北本地人民对鼠疫缺乏抵抗，以至于从八月起，已经率先在那些给山西客军提供后勤服务的本地民夫中，出现症状。
朱树人表示，他被这个突发情况所打断，不得不暂时拖延对孙可望和李自成的军事行动，先处理内政防止士卒和民夫大批染病失去战斗力、劳动能力。
朱树人也简单提了几点他在汉中的治理举措，主要也是注意卫生的那几项老办法，除了食物水要彻底烧煮熟，就是想办法驱虫灭蜀，多生产外涂的驱虫药膏药油，至于能不能防老鼠，也顾不上了。
最后朱树人还提了一点他觉得非常重要的，他事急从权在汉中和四川北部其他府，宣布了因为突发疾病和意外死亡的军民，必须彻底焚尸火葬，不能直接掩埋。
这一做法在封建迷信时代当然是会引起严重反弹的，朱树人这么干，甚至在汉中个别县激发了民变。幸好他掌握了绝对的军事力量，最后用武力把那些抗火葬消毒的迷信人士镇了下去，还颇事急从权杀了一批极端迷信的死硬者。
但这种做法也是明显违背大明律和祖宗之法的，朱树人只能是上奏请示，希望皇帝也下旨授权，正式规定官府可以强行焚烧消毒鼠疫死者和死因不明者。
这封奏章着实为朱树人拖延了足够多的时间，他的部队都染上山西人传去的鼠疫了，短时间内还怎么打仗？
而崇祯也是最近这几天才刚刚注意到北京城内开始出现的不明瘟疫连片死亡，看了奏报后，他当然也是立刻召集了户部工部等有关部门的官员，也包括首辅周延儒，严厉询问了相关情况。
“朱爱卿说他在汉中的人马，都染了山西军带去的鼠疫，那如今顺天府和直隶其余各府的不明瘟疫，是不是山西鼠疫？户部有没有看过，焚烧尸体灭虫灭鼠有没有用？”
户部官员哪懂这些科学道理，当然是一问三不知。而对于朱树人言之凿凿请求朝廷正式推行火葬焚烧，那些饱学大儒当然也是各种攻击。
“陛下不可啊！正所谓死者为大，从没听说过鼠疫会通过死者传播，随便辱没逝者，有违孝道啊！我大明以孝治天下……”
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