然而，当时日本西部沿海的一些大名（即领主）仍旧私下与西方商人经商，以求壮大经济实力，得到先进武器，是以，长崎、平户等地，一度仍是海商的天堂。
后来，随着幕府的威权不断加重，禁令越发严厉，颜思齐未雨绸缪，考虑要去别的地方建立自己的根据地。
要在中国沿海的岛屿立足，可选的地方倒是很多，但当时明王朝的余威犹存，军事力量也没有衰落到后来那样不堪一击的地步。
闽浙沿海等地的岛屿无法染指，即便像澎湖列岛，荷兰人曾数次在此筑垒，都被明军驱逐。
所以，他们只能选择海外的孤岛了，“化外之地”大员，就这样进入了他们的视线。
就这样，天启四年（1624年）八月，颜思齐率领部下和大批移民前往大员笨港（今北港镇）登陆。
颜思齐见岛上地肥水美、大片荒野未辟，大为兴奋，决意在此开疆拓土，干一番事业。
于是，他率众伐木辟土，构筑寮寨，后又不断从大陆招纳漳、泉移民在此拓荒垦殖，主要种植大米、麻，以及蔗糖等农作物。
第二年九月，颜思齐在诸罗山行猎的时候，据说因为感冒死在了当地，年仅二十一岁的郑芝龙继承了颜思齐的首领地位，得到了颜思齐的大部分遗产。
不过，郑芝龙继承了首领地位后，并没有在大员的拓展垦殖上下很大的力气，以致荷兰人在大员的势力扩展很快，加上西班牙人也来插了一脚，导致大员的局面变得复杂。
而郑芝龙当时正忙着同各大海上势力不断交战，争夺海上霸权，不愿意多蹚浑水，一度决定放弃在大员的移民据点，撤回福建。
后来，由于一件事，他才放弃了这一念头，改为继续经营大员。
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