这“六书”皆为汇编档案簿籍而成，便于保存历史资料，但却不能成为具有特见的、精炼的着述，正如后来他自己所说的：“永清全志颇恨芜杂” 。这促使章学诚继续对解决方志学术性与资料性的矛盾进行探索。此年，章学诚还着成《校雠通义》四卷，这是与《文史通义》相并称的重要着作。
编修《永清县志》期间，章学诚在科举考场时来运转。乾隆四十二年（1777年）秋，应顺天府乡试中举，次年中进士。但他“自认迂疏”，不具备做官的素质，始终未敢入仕。
这样一来，《永清县志》成书之后，他仍然过着漂泊客游的生活，几年内穷愁潦倒、十分困苦。
乾隆四十六年（1781年）赴河南谋事不成，归途遇盗，行李及所存着述被抢劫一空。后来借朋友录存的别本重抄，但终不能复其全貌，其中《校雠通义》佚失第四卷，尤为可惜。出于生计，章学诚先后在肥乡（今河北肥乡县）清漳书院、永平县（今河北卢龙）敬胜书院、保定（今河北保定）莲池书院主讲。
在清漳书院，他向学生提出关于学习志向的策问：“举业将以应科目也，假使诸生亦已登进士第，无所事举业矣，遂将束书而不观耶？抑将尚有不能自已者耶？”他指出：“学亦不当专为举业。” 表明章学诚自己虽然很热衷于科举功名，但仍将学术研究作为矢志不移的抱负。
在敬胜书院主讲期间，全家迁至永平，此后其家口常随其谋业地点的变更而流徙不定。
乾隆四十八年（1783年），章学诚客寓北京，身患重病。幸亏同乡邵晋涵将他接至家中，延医治疗，得以不死。
邵晋涵也是一位着名学者，自十几年前与章学诚相识后，两人意气相投，这次病中，“常与论学，每至深夜”。两人皆有意重修《宋史》，章学诚明确提出要将“以班马之业而明程朱之道”作为立言宗旨 。此年，他的着述中一个值得注意的特点，就是较为深入地从哲理上探讨学术源流和治学风格问题，写出了《言公》《诗教》《与朱沧湄中翰论学书》等重要论着。
乾隆五十二年（1787年）冬，章学诚谒见河南巡抚毕沅，受到厚遇。次年初，由章学诚主持开局编辑《史籍考》。
编辑此书是章学诚的一大学术宿愿，目的是全面整理、总结历代史籍。但此举规模宏大，非一人所能胜任。此时依傍毕沅，人力、物力皆为充备，着名学者如洪亮吉、孙星衍、武亿等人均被邀请参与。除主持编辑《史籍考》外，章学诚还被安置于归德府（府治在今河南商丘）文正书院主讲，他用余暇重新修订了《校雠通义》一书。经过这次精心更定，章学诚的目录学思想在此书中得到了更加充分的表达。
由于毕沅赴任湖广总督，章学诚随即失去文正书院讲席，携家离开河南。从乾隆五十三年（1788年）下半年到次年上半年，他辗转于安徽亳州（今亳县）、太平（今太平县）、安庆之间，虽一时困厄，但学术上进展很大。乾隆五十四年（1789年）四月十一日至五月初八，近一个月之内着文二十余篇，从哲理上探索学术史、治学宗旨、治学途径和学风问题，将自己的主张予以理论性的论证和阐发，其中《原道》《原学》《经解》《博约》《史释》等篇，皆为《文史通义》中的精粹。
乾隆五十四年（1789年）秋，章学诚应知州裴振的邀请编修《亳州志》，次年二月撰成。他自己对《亳州志》十分满意，认为“近日撰《亳州志》，颇有新得……义例之精，则又《文史通义》中之最上乘也” 。从此，他确立了方志立“三书”的体例，即“志、掌故、文征各成一书，相互辅佐，志的部分体现作者的别出心裁，掌故收编一方典章，文征汇集一方文献”，从而解决了方志学术性与资料性的矛盾。这样，章学诚的方志学理论已趋于成熟。
《亳州志》修成的当年，章学诚离亳州赴武昌，依附毕沅继续编辑《史籍考》，并参与了毕沅《续资治通鉴》的编纂。从乾隆五十五年（1790年）至乾隆五十七年（1792年），《答客问》《史德》《方志立三书议》《书教》等接踵而成，标志着章学诚已形成自己的史学理论体系。
章学诚还乡时已经五十七岁，离乡四十余年，历尽艰辛。家中没有什么资产，只是“藏书甚富”而已。
但他并未从此居家过安定生活，不久又出游扬州、安庆、桐城等地，其中一个重要的目的就是想寻取支持以便完成《史籍考》。
这部巨着在湖北武昌借助毕沅之力，已完成十之八九，因毕沅遭贬谪而中断。嘉庆三年（1798年），他在杭州靠谢启昆支持重新修订，编成三百二十五卷，但此书终于未能流传，仅有草创时的《论修史籍考要略》和成书时的《史考释例》二文以及《史籍考总目》留存至今。
嘉庆五年（1800年），章学诚因眼病失明，仍坚持着述，直至病逝。?
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