于右任就任陕西靖国军总司令后，以张钫为副司令，井勿幕为总指挥，下辖郭坚、樊钟秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、卢占魁等六路。
十月中旬靖国军誓师讨陈，先渡渭水。渭南守将姜宏谋与胡景翼原有私交，即开城迎降，胡单骑入城接洽收编，不料是诈降，当场将胡扣留，并解往西安。
陈树藩不杀胡，要胁胡写信给他的部下投降。胡也答应写信，但他在信中使用暗号，表示自己决不投降陈树藩，于是胡的部下便推举支队长岳维峻代理司令。陈树藩派员赴胡部招抚，又派第三旅旅长李天佐到板桥，均被靖国军击毙。
民国七年十一月下旬，靖国军总指挥井勿幕，去叶荃军会商共同作战方略，归途经凤翔到兴平防地。陈树藩指使民军内奸李栋材伪造郭坚的函件，邀井到兴平南仁村开会。井大意上当，于十一月二十一日前往而中计被杀。
陕西靖国军先后受到胡景翼和井勿幕两起挫折，但仍不屈不挠，南北和会召开时，陕西靖国军的六路军在陕西全境已占据很大的地盘。
其分布是：
第一路司令郭坚驻防乾县、武功、岐山、扶风、眉县。
第二路司令樊钟秀驻防盩厔。
第三路司令曹世瑛驻防交口、高陵、三原、乾城、洛川。
第四路代司令岳维峻驻防泾阳、三原、富平。
第五路司令高峻驻防合阳、澄城、关山、兴市。
第六路司令卢占魁驻防三原、高陵、同安、耀县。
还有云南督军唐继尧所属川滇靖国军也进入平利、兴安、镇巴、紫阳一带。
而陈树藩所保有的地盘，一天比一天小。
南北两军的主要战场在湖南，陕西不算是重要战场。因为湖南战场发生了变化，段祺瑞便想在陕西开僻第二战场，借以继续南北战争。因此在和谈进行前，调遣大批北军投入陕西战场，试图在短期内消灭陕西民军。
段称陕西靖国军为土匪，不承认为南军，并把陕西的军事行动说成是剿匪，以示与南北战争无关。
段派出的先行赴陕的军队是奉军许兰州部，和会召开时，又调第四混成旅张元部开入陕西，并令甘肃督军张广建出兵长武、邠县，与驻防凤县的陕南镇守使管金聚（兵力有一混成旅），以及由四川逃到汉中的刘存厚（兵力约有两师），合力进攻靖国军。这样一来，陕西境内的北军与靖国军双方兵力共达二十万人。
和会召开前，南北双方都曾下过停战令，约束双方军队各守原防，一切问题留待和会处理。但是段祺瑞却要了一个花样，提出所谓南北两军占领区应当维持战争发生前的状态，这就是说，陕、闽、鄂西南三个地区内的南军都是在战争时期发展起来的，这些地区都应当退还北方。他又进一步提出所谓剿匪问题，诬蔑陕、闽、鄂三省南军为土匪，剿匪不是打南军，剿匪区域不应当划在停战区域内。
由于北方提出剿匪问题，南北双方于是又展开了“匪”与非“匪”的笔战。北方把郭坚、樊钟秀、卢占魁等都说成是土匪。南方质问说，难道于右任也算是土匪吗？北方承认于右任不是土匪，劝他快快离开匪巢。南方又质问说：“难道陈树藩所收编的王飞虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪吗？”
南方议和代表到上海后，提出条件，要求全面停战包括陕西在内。
李纯提出五项建议：
（一）停战区域包括陕、闽、鄂三省。
（二）北方援陕、援闽军队均停止前进。
（三）双方议和总代表共同派员到陕西监视停战。
（四）陕、闽、鄂三省由双方将领划定停战区。
（五）双方在划定区域内剿匪卫民。
除了陕西停战问题外，还有一个是参战军问题。
第一次世界大战已经结束，参战问题已不存在。可是段系的人已把参战督办改为边防督办，参战军改为边防军；同时把参战借款用来编组边防军。
边防军成立了四个师，由傅良佐、曲同丰、陈文运、马良为师长。这明显是在扩充兵力，继续实行武力统一。
西南方面在和谈前即提出撤消参战督办，停止参战借款，废止中日军事协定，解散参战军等问题。
不过西南方面也知道，如果要北方履行这些条件，徐世昌是无能为力的，这样一来等于堵死和谈的路。所以，南方未把参战军问题当作先决条件，而作为议题交付和会讨论，从而表明南方是带着诚意而来。
中国派遣代表出席巴黎和会的人选问题也是南北双方争端之一。北京政.府指定以陆徵祥为代表团团长，顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组为代表。这个代表团名单中只有王正廷一人是西南方面的，西南方面曾要求加派伍朝枢和王宠惠二人为代表。
前面曾提到北方议和总代表人选问题。
本来徐世昌主张由李纯担任，皖系全力反对，梁士诒也被安福系反对。
段想要王揖唐担任，王是安福系首领，西南护法就是反对安福国会，王揖唐自然不是一个适当人选。
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