电影的最后宝可梦们各自分离，超梦独自踏上征程。在临行前，超梦留下了这样的话“如果你在某个地方听到喊你的声音，你就回头吧。说不定，可以在那里看到我……”
超梦个体能力高，兼备神兽的力量与人类的智慧。能将各种强大的超能力运用自如到极致——直接靠心灵感应与人类交流，操纵他人的意识或者直接修改其记忆、利用强大的意念力轻而易举改变气候、制造台风、甚至是扭曲时空。
直接战斗力之外，高度智能掌握着人类引以为傲的科学。依靠对物理学与遗传学的理解，自主开发了宝可梦复制装置、以及可将其它宝可梦强制收押的超梦球。
此外，还具有远超一般训练家的战术指导能力。除了其他传说的宝可梦外唯独其原生种梦幻能与其对抗。
“幻影宝可梦系统”的开发者荣格博士，其理论太过自利并缺乏对宝可梦的爱护而被宝可梦协会开除。
为了报复，他将大木博士及小智一行人邀请到自己的实验室，并伪装成自称幻影主谋的面具人劫持了大木博士。
幻影主谋要从皮卡丘的记忆里获取数据，抽取记忆的过程给皮卡丘带来巨大的疼痛，大木博士只得将密码REDGREEN托出。
幻影主谋得到了下载全世界数据的能力，他用收集到的数据造出了最强的幻影宝可梦——幻影超梦，并对小智一行人发动攻击。
荣格博士指挥的幻影宝可梦完全压制了小智等人。就在幻影超梦即将给皮卡丘最后一击时，之前被消灭回收的幻影梦幻的数据及时觉醒、牵制住幻影超梦让小智趁机将其击倒。
幻影系统终于被破坏，荣格博士闪身回到燃烧的研究所内，去向不明。
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