玖辛奈护卫旗木新雨和旗木卡卡西，因为波风水门的遗言，没有被追责，愤怒的猿飞日斩里里外外将木叶搜查了一遍。
连续几天的搜查，凶手没找到，倒是发现了一件让他不愿意面对的事情，他的弟子，三人之一大蛇丸，用木叶村民，作为他实验的素材。
是夜，猿飞日斩作为前火影，往大名府寄去了书信，之后带领忍者，亲自捣毁了大蛇丸实验窝点，大蛇丸从猿飞日斩手中逃离，成为木叶S级叛忍。
同时，牵连出了另一件大事，大蛇丸曾与根部首领志村团藏勾结，发现了大量志村团藏想要加害猿飞日斩和波风水门的秘密。
东窗事发的志村团藏，带领根部忍者突袭猿飞日斩，猿飞日斩身边暗部叛变，只有卡卡西冒死解决了暗部叛忍。
猿飞日斩出于大局没有选择追究志村团藏的过错，但是却从根部强行要走根部和大蛇丸的实验产物，木遁忍者甲。
卡卡西虽然救下了猿飞日斩，但是他和志村团藏的来往属实，虽然猿飞日斩赦免了卡卡西知情不报的罪，但是卡卡西也进入了考察期。
甚至村子中的舆论也开始来回反复，当年旗木朔茂的旧事也不断被翻起，旗木一族最年幼的忍者旗木新雨，为了赎旗木一族的“罪”，选择了进入暗部，于黑暗中耕耘。
而木叶村中舆论，也是在旗木新雨加入暗部之后，被重新上任的火影猿飞日斩一锤定音，旗木一族对木叶的忠诚，“无须任何怀疑！”
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