大业十二年(616年)十一月，秦琼随张须陀征讨瓦岗军，张须陀中了李密的圈套，兵败战死，秦琼率隋军残部依附了据守虎牢关的裴仁基。次年，裴仁基与监军御史萧怀静不和，被李密成功招抚，杀死了萧怀静，以虎牢城向瓦岗军请降。秦琼随裴仁基归降李密，李密得到秦琼后非常高兴，用秦琼为帐内骠骑，与程咬金等一起统领八千内军，待遇十分丰厚。
大业十四年(618年)七月，瓦岗军与宇文化及军于黎阳大战，激战从清晨一直持续到黄昏。混战中李密被流矢射中坠马昏厥，部下都逃散而去，几乎落入追兵之手，幸得秦琼拼死保卫才得以脱险。救出李密后，秦琼收拢溃军与宇文化及军力战，终于将其击退。同年九月，瓦岗军击败宇文化及后，元气大伤。李密因为胜利变得骄傲自负，不再体恤将士使得部下纷纷离心，同时由于对王世充的蔑视，扎营时甚至不修筑壁垒工事。王世充趁机突然发动袭击，在邙山脚下大破李密。李密战败后惧怕翟让旧部报复，仓皇西逃长安投奔了李渊。
秦琼被俘后暂时投奔了王世充，被封为龙骧将军。唐武德二年(619年)二月，秦琼因不齿王世充奸诈的为人，与程咬金等人乘唐郑两军于九曲对阵之时投奔了李唐，被唐高祖李渊安排到秦王李世民府上任职。李世民对秦琼的英勇早有耳闻，对他十分礼遇，授予了他马军总管的职位，随自己一同镇守长春宫。
秦叔宝与尉迟恭杀得正酣，其他人也没闲着，双方将对将，兵对兵的捉对厮杀。两方人数虽然相差不多，可尉迟恭的人马一路奔波，旅途劳累，体力消耗很大，而唐军则是养精蓄锐，以逸待劳。因此，一炷香之后，尉迟恭的兵马逐渐招架不住，呈现出溃败之势。
尉迟恭也快招架不住了。秦琼力大无比，跨下神驹更是厉害，此马号称忽雷驳，秦琼经常喂它喝酒，一旦它发起威来，能连续飞越三顶帐篷。尉迟恭吃力地应付着秦琼凌利的攻势，眼看打不过秦琼，立马脚下抹油，摆脱了对方的纠缠，逃回本方阵营之中。然而，他的人马已经溃败，士兵们一片混乱，互相踩踏。无奈之下，尉迟恭只能率领少数精锐的骑兵，杀出了唐军的包围圈，落荒而逃。
美良川之战，除了尉迟恭和寻相带领少数骑兵逃脱外，唐军斩杀了两千余人，其余皆被俘获。尉迟恭在夏县之战中夺取的大量战利品，也尽数被唐军夺了回去。美良川之战的胜利，具有重大的意义，这是九个多月来，唐军与刘武周作战所取得的第一场大胜仗，扭转了唐军此前屡战屡败的不利局面，对于整个收复河东的战役，具有重要的转折意义。
美良川之战，秦琼功劳最大。这是他与尉迟恭第一次，也是最后一次较量。后来，尉迟恭在介休被唐军包围，被迫投降，成了李世民手下一名重要的将领。据说，李世民当上皇帝后，有一段日子总是恶梦缠身，秦琼和尉迟恭为了让他安寝，便披坚执锐，站在大门口为其守夜里，这么一来，李世民果然不再做恶梦。后来，李世民为了不让两位将军太辛苦，就让人画了两人的画像，贴在大门之上。老百姓听说这两人的画像能驱除鬼魅，便纷纷效仿，这就是中国古代民间贴门神的由来。
因此，美良川之战，可以说是右门神打败了左门神。
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