1922年，直系军阀曹锟贿选大总统，引起全国人民强烈反对。
奉系军阀张作霖利用有利形势，通电声讨，组织镇威军，率军人关，孙烈臣任镇威军副司令（总司令张作霖）。
第一次直奉战争爆发。5月，奉军战败，退兵榆关，直系军阀总司令吴佩孚挥师北上，直，奉垣，有横扫东北之势。
张作霖处境险恶，乃派孙烈臣为前敌总司令，吴俊陞为副司令，与直军再战榆关。孙烈臣率孤军奇出锦州，独挡榆关之冲，拒守九门口，临阵督战，凡十数昼夜，人不解甲，马不卸鞍，终于转败为胜，扭转战局。
6月18日，直军全权代表王承斌、杨清臣，奉军全权代表孙烈臣、张学良，在秦皇岛海面英国军舰上签订停战条约，双方自19日起撤退军队，结束战争。
20日，东三省议会联合推举张作霖为东三省保安总司令，孙烈臣为副司令，东三省保持独立姿态。
战后，张作霖于奉天召开会议，论功行赏，孙烈臣功居首位，授勋二位。
成立东三省陆军整理处，孙烈臣晋升东三省陆军整理处统监，姜登选、张作相为副统监，张学良为参谋长。
开始重组军队，将东三省全部军队整编为步兵27个旅，骑兵5个旅，使用统一番号。
并拟定治军方案，举办军校，培养军事骨干，设立航空处，筹建空军，建立东北第一座兵工厂（即奉天兵工厂），制造枪弹，加强军队战斗力，准备湔雪战败之仇。
1924年4月25日，孙烈臣因胃病不治而卒，终年52岁。
1900年护送盛京将军增祺至白土厂边门防御衙门，由此踏入军界。
1909年随张作霖剿蒙匪陶克陶胡，升任奉天中、前两路帮统。
1917年任东北陆军第二十七师师长，次年任湘东总司令。
1919年被荐任黑龙江督军兼省长，1921年调任吉林督军兼中东路护路军总司令。
1922年直奉战争中任镇威军副司令，战后出任东三省保安副司令，主持陆军整理处整编奉军。
讨论1924年4月25日因胃病逝世于吉林官邸，终年52岁。
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