2三月，戊午日，派侍中王坦之征召大司马桓温入朝辅政；桓温又推辞。
3秦王苻坚下诏说：“关东的百姓中，精通一经、有一技之长的人，所在地的郡县要用礼仪送到朝廷。在任的百石以上的官员，不精通一经、没有一技之长的，罢免遣返回乡为民。”（胡三省注：苻坚的政治如此尚且不能长久，何况不如苻坚的呢！）
4夏季，四月，把海西公迁徙到吴县西柴里，命令吴国内史刁彝防卫，又派御史顾允监察。刁彝，是刁协的儿子（胡三省注：刁协，被晋元帝信任重用）。
5六月，癸酉日，秦任命王猛为丞相、中书监、尚书令、太子太傅、司隶校尉，特进、常侍、持节、将军、侯的职位依旧（胡三省注：仍带有特进、散骑常侍、使持节、车骑大将军、清河郡侯的印绶）；阳平公苻融为使持节、都督六州诸军事、镇东大将军、冀州牧（胡三省注：代替王猛镇守邺城）。
6庾希、庾邈和前青州刺史武沈的儿子武遵聚集部众夜里进入京口城，晋陵太守卞眈翻越城墙逃到曲阿（胡三省注：）。（胡三省注：沈约说：吴时分会稽郡无锡以西为毗陵郡，治所在丹徒，后来又回到毗陵。东海王司马越的世子名毗。东海国过去以毗陵为食邑，永嘉五年，改为晋陵；太兴初年，郡和丹徒县都治所在京口）庾希谎称接受海西公的密旨诛杀大司马桓温。建康震动，内外戒严。卞眈征发各县的士兵二千人袭击庾希，庾希战败，关闭城门自守。桓温派东海内史周少孙讨伐他。秋季，七月，壬辰日，攻下京口城，擒获庾希、庾邈以及他们的亲信党羽，都斩首示众（胡三省注：庾亮的后代灭亡了）。卞眈，是卞壸的儿子（胡三省注：卞壸侍奉元帝、明帝，死于苏峻之乱）。
7甲寅日，皇帝生病，紧急征召大司马桓温入朝辅政，一天一夜发出四道诏令；桓温推辞不到。当初，皇帝为会稽王时，娶王述的堂妹为妃，生下世子司马道生和弟弟司马俞生。司马道生粗疏急躁没有德行，母子都被囚禁废黜而死。其余三个儿子，司马郁、司马朱生、司马天流，都早年夭折。各姬妾近十年没有怀孕，会稽王让善于相面的人观察，都说：“不是这些人。”又让观察各个婢女侍妾（胡三省注：地位低下的女子为婢。婢，是女子中地位最低的。陪嫁的女子为媵）。有个叫李陵容的，在织坊中，皮肤黑身材高，宫女们称她为“昆仑”（胡三省注：说她像昆仑人。昆仑国，在南海之外）。相面的人惊讶地说：“就是这个人！”会稽王召她侍寝，生下儿子司马昌明和司马道子（胡三省注：《晋书》说：当初，简文帝看到谶语说：“晋朝的国运到昌明就结束。”等到孝武帝在母胎中时，李太后梦见神人对她说：你生男孩，用昌明为字。等到出生时，东方刚亮，因此取名昌明。皇帝后来醒悟，于是流泪。等到孝武帝去世，晋朝从此衰落）。己未日，立司马昌明为皇太子，当时他十岁。封司马道子为琅邪王，兼管会稽国，以供奉皇帝母亲郑太妃的祭祀（胡三省注：皇帝封琅邪王，亲生母亲郑夫人去世，坚决请求服重丧，改封会稽王，追封郑夫人为会稽太妃）。遗诏说：“大司马桓温依照周公摄政的旧例。”又说：“年幼的儿子可以辅佐就辅佐，如果不行，您可以自己取而代之。”（胡三省注：用汉昭烈帝嘱咐诸葛亮的话）侍中王坦之亲自拿着诏书进入，在皇帝面前把诏书毁掉。皇帝说：“天下，是偶然得到的，你有什么可嫌恶的！”王坦之说：“天下，是宣帝、元帝的天下（胡三省注：宣帝开创帝业，元帝中兴，所以这样说），陛下怎么能独自决定！”皇帝于是让王坦之修改诏书说：“家国大事一概禀报大司马，如同诸葛武侯、王丞相的旧例（胡三省注：王丞相，指王导）。”当天，皇帝去世，享年五十三岁。
群臣疑惑，不敢立继位君主，有人说：“应当等待大司马处理。”尚书仆射王彪之严肃地说：“天子去世，太子继位，大司马怎能有异议！如果先当面咨询，必定会被他责怪。”朝廷的议论才确定。太子即位，大赦天下。崇德太后下令，因为皇帝年幼，加上在守丧期间，命令桓温依照周公摄政的旧例。事情已经准备施行，王彪之说：“这是异常的大事，大司马必定会坚决推辞，使政务停滞，耽误陵墓修建，不敢奉行命令，恭敬地把诏令封还。”事情于是没有施行（胡三省注：这是封还诏书的开始）。
桓温希望简文帝临终时把皇位禅让给自己，否则也应当摄政。结果没能如愿，十分愤怒怨恨，给弟弟桓冲写信说：“遗诏让我依照武侯、王公的旧例。”桓温怀疑是王坦之、谢安干的，心中怀恨。诏令谢安征召桓温入朝辅政；桓温又推辞。
8八月，秦丞相王猛到达长安，又加授都督中外诸军事。王猛推辞说：“丞相的重任，太子太傅的尊贵，尚书令事务繁忙，司隶校尉责任重大，总领军事，出纳帝命（胡三省注：元相，指丞相。储傅，指太子太傅。端右，指尚书令。京牧，指司隶校尉。总领军事，指都督中外诸军事。出纳帝命，指中书监、常侍的职责），文武两方面的重任，大小事情都要参与，即使是伊尹、吕尚、萧何、邓禹那样的贤能，尚且不能兼任（胡三省注：指伊尹、吕尚、萧何、邓禹），何况我王猛这样无能的人！”奏章上了三四次，秦王苻坚不允许，说：“我正要统一天下，除了你没有人可以托付；你不能推辞宰相之位，就像我不能推辞天下一样。”
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