公元前58年，罗马控制了塞浦路斯（Cyprus），导致托勒密十二世的兄弟自杀。
托勒密十二世对此未作回应，塞浦路斯也一直是罗马的行省，直到公元前48年由尤利乌斯·恺撒收回并归托勒密王朝控制。
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贿赂政策在埃及长期以来一直不受欢迎，既因为它过于谄媚，又因为它带来了沉重的税负。
然而，塞浦路斯的并入显示了这一政策的失败，激怒了亚历山大的民众。
亚历山大的宫廷官员迫使托勒密十二世·奥莱特 (Ptolemy XII Auletes) 退位并离开埃及。
他被他的女儿贝伦尼丝四世 (Berenice IV) 替代。
贝伦尼丝四世与克利奥帕特拉·提法娜 (Cleopatra Tryphaena) 联合执政，后者可能是托勒密十二世的前妻，但也有可能是他未曾记载的女儿。
克利奥帕特拉·提法娜在一年后去世，贝伦尼丝从公元前57年到公元前56年单独执政。
托勒密十二世带着女儿克利奥帕特拉七世 (Cleopatra VII) 一起逃往罗马以寻求庇护。
途中，他在罗德岛停留，流亡中的卡托·尤吉尔 (Cato the Younger) 向他提供了如何接近罗马贵族的建议，但并未给予实质性支持。
到达罗马后，托勒密十二世开始请求恢复自己的王位，但遭到部分元老院成员的反对。
他的老盟友庞培 (Pompey) 为这位流亡国王和他的女儿提供庇护，并在元老院中为托勒密的恢复辩护。
在此期间，罗马的债权人意识到如果不恢复托勒密，他们将无法收回贷款。
公元前57年，罗马民众的压力迫使元老院决定恢复托勒密。
然而，罗马并不希望通过军事干预来恢复国王，因为西比利尼书中曾预言，如果埃及国王请求帮助，而罗马进行军事干预，将会带来巨大的危险和困难。
埃及人民听闻罗马可能介入的传言后，强烈反对流亡国王的回归。
罗马历史学家卡西乌斯·迪奥 (Cassius Dio) 记载称，埃及派出了一百人的使团，向罗马提出反对托勒密十二世恢复的理由。
托勒密似乎毒死了使团的领袖亚历山大的迪奥 (Dio of Alexandria)，并在使团未抵达罗马之前将其他大多数抗议者杀害。
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公元前55年，托勒密十二世·奥莱特向奥卢斯·加比尼乌斯 (Aulus Gabinius) 支付了1万塔兰特以征讨埃及，从而恢复了自己的王位。
奥卢斯·加比尼乌斯击败了埃及边境的军队，推进至亚历山大，攻击了宫殿，宫殿卫兵在没有抵抗的情况下投降了。
托勒密十二世恢复王位的确切日期尚不清楚。
最早的恢复日期可能是公元前55年1月4日，最晚的恢复日期则是同年6月24日。
恢复权力后，托勒密开始对贝伦尼丝四世采取行动，并与她的支持者一起将她处决。
托勒密十二世在亚历山大继续掌握权力，得到约两千名罗马士兵和雇佣兵——即“加比尼安尼”(Gabiniani) 的帮助。
这一安排使得罗马能够对托勒密施加影响，他一直统治到公元前51年因病去世。
公元前52年5月31日，他的女儿克利奥帕特拉七世 (Cleopatra VII) 被任命为共同统治者。
在托勒密十二世恢复王位的同时，罗马债权人要求偿还他们的贷款，但亚历山大的国库无法偿还国王的债务。
托勒密十二世从之前的错误中吸取了教训，将对增税的民众愤怒从自己身上转移到了罗马人身上，尤其是他的主要债权人——盖乌斯·拉比里乌斯·波斯图穆斯 (Gaius Rabirius Postumus)，并任命他为“财务大臣”，负责债务偿还。
也许是奥卢斯·加比尼乌斯施加了压力，促使托勒密十二世任命拉比里乌斯，后者现在直接掌控着埃及的财政资源，但他却过度榨取土地。
国王不得不将拉比里乌斯监禁，以保护他免受愤怒民众的伤害，之后又允许他逃脱。
拉比里乌斯很快离开埃及，回到罗马，到了公元前54年底。
在那里，他被指控“违背公款”，但在西塞罗 (Cicero) 的辩护下，被判无罪。
托勒密还允许贬值货币，试图偿还贷款。
临近托勒密十二世统治结束时，埃及货币的价值已经降至他第一次统治时的一半左右。
托勒密十二世于公元前51年3月22日之前去世。
他的遗嘱规定，克利奥帕特拉七世和她的弟弟托勒密十三世 (Ptolemy XIII) 应共同统治埃及。
为了保障自己的利益，他指定罗马人民为遗嘱的执行人。
由于元老院忙于处理自己的事务，他的盟友庞培 (Pompey) 批准了遗嘱。
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