同年8月，朱熹入朝任焕章阁待制兼侍讲，一举成为帝王师。朱熹在讲课中反复讲解格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下这八目，强调匡正君德以限制君权，同时多次攻击权臣韩侂胄专权。“姤其角；吝，”他的讲学方法引起了宋宁宗的反感和韩侂胄的嫉恨。
两年后，在韩侂胄授意下，朱熹被弹劾以“十大罪状”，由此掀起了一场对理学的残酷清算。朝廷仿效北宋元佑党籍碑的作法，列举五十九人的伪逆党籍，以朱熹为伪学魁首。朱熹坐罪免职，其余人等或遭流放，或被下狱。
公元1200年，朱熹足疾恶化，双目失明，病重不治逝世。学生们为他在信州举行大规模会葬，虽然受到地方官员的管制，参加者仍有千人之多。
当年在鹅湖之会后，朱熹有所感悟，作七绝《观书有感二首》。
其一阐述读书应让书中知识与个人思想相互映照，使文思不绝如源头活水：
半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊。
问渠那得清如许？为有源头活水来。
其二则阐明学习有一个从量变到质变的过程，一旦豁然贯通则文思勃发如春潮横生。
昨夜江边春水生，艨艟巨舰一毛轻。
向来枉费推移力，此日中流自在行。
他绝没有料到，后世封建统治者刻意曲解他的学说，使其成为桎梏天下读书人思想的精神武器。思想的活水于是变成绝望的死水，客观上造成了七百年后清朝科技文化的大衰落。
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