元朝末年还出现了严重的社会问题。黄河泛滥威胁漕运和盐场，脱脱命贾鲁治理黄河取得成功，但为此投入巨大，加上钞法改革，造成了严重的经济动荡。而在河工中流传的“莫道石人一只眼，此物一出天下反”的谶谣，也预示着社会的不稳定。白莲教领袖韩山童利用河工的不满情绪，组织起义。
元朝统治者未能充分汉化，一定程度上导致了统治的不稳定。元朝统治者在政治制度上保留了较多蒙古族的旧制，未能完全适应中原地区的治理模式。对儒家思想的重视不足，科举制度长期废置，使得汉族知识分子晋升通道狭窄，难以参与到国家的管理和建设中，从而引发了汉族士人的不满。
元末农民起义此起彼伏，其中刘福通领导的红巾军给元朝统治造成了沉重打击。脱脱凭借强力手段曾基本搞定各路义军，但元顺帝听信谗言剥夺脱脱兵权并将其贬谪刺死，这成为压垮元朝的最后一根稻草，朝廷内部矛盾更加尖锐，元顺帝与皇太子爱猷识理达腊分别倚靠孛罗帖木儿、扩廓帖木儿（王保保）等，而这些诸侯拥兵自重，相互混战，不听朝廷号令。
1367 年，徐达、常遇春率 25 万兵马北伐时，元朝内部的王保保正率兵西征，准备与李思齐、张良弼大战，对明军北伐消极怠工。1368 年，当徐达、常遇春抵达燕京郊外时，元顺帝自知难以得到增援，若固守京师可能会重蹈宋徽宗、宋钦宗的覆辙，于是选择不战而逃，逃回草原，放弃了燕京。
此后，明军继续进攻，王保保、李思齐、张良弼等被击败，元军退出中原。至此，元朝在中原的统治结束，狼狈地退回了北方草原。
不过，元朝时期的人口并没有增加，反而出现了锐减。蒙古人对抵抗的中原人口实行屠杀政策。据历史资料显示，元朝初年蒙古兵南下时，中国丧失了大约 7000 多万人口，这些人口几乎都是在蒙古族入侵时死于非命。
四川被蒙古屠杀后，人口由一千三百万减少到六十万。北方地区有百分之九十的汉族平民也惨遭种族灭绝。
元朝时期，鼠疫等瘟疫的爆发给社会带来了巨大冲击。医疗水平有限，用的中药清热解毒、扶正祛邪的方剂，来缓解患者的症状。但对于鼠疫这种烈性传染病，这些方法往往难以遏制疫情的蔓延。将感染者集中在特定区域，以减少传播。也会有焚烧病患尸体的做法。
关于死亡人数，缺乏精确的统计，社会秩序陷入混乱。这场瘟疫持续了数年。
据不完全统计，仅在 13 世纪末至 14 世纪中叶，黄河就发生了多次大规模的决堤事件，受灾人口多达数百万。
引发了严重的饥荒。大量百姓饿死，人口流失严重，大量人民饿死。
此外，人口迁徙也是一个重要因素，为躲避战乱，南方的人大量向南洋地区迁徙，使得元朝的人口流失更加严重。
学者赵文林、谢淑君的《中国人口史》认为元太宗窝阔台八年（1236 年），原金朝和西夏统治区的人口为 1053 万 8745 人；也有说法称元朝统一时人口有 5980 万。
元朝人口相比之前的朝代大幅减少。而元末明初，因红巾军起义等战乱以及天灾频发等因素，人口又进一步折损。到明初时，全国人口约 6000 万。
公元 1368 年，朱元璋大军攻入大都，元顺帝出逃，元朝灭亡。
此后，元顺帝在北方继续维持着残余的统治，直至公元 1370 年离世，享年 50 岁。
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