明末清初思想家王夫之在《读通鉴论》中对司马睿南渡后的行迹多有评述：
①愍帝之立，贾疋等扳之以立而遂自立，则琅邪之在江东，南阳之在秦、陇，虽不与争，而坐视其亡而不救。匪直二王也，刘琨、慕容廆之在北，张寔之在西，陶侃之在南，皆坐视其亡而不恤。长安破，愍帝俘，司马子孙几于尽矣，琅邪拥众而居江左，削平内寇，安靖东土，未有舍琅邪而可别为君者。然而闻长安之变，官属上尊号而不许，固请而不从，流涕而权即晋王之位。已而刘琨屡表陈痛哭之辞，慕容廆、段匹磾且合辞以劝进，豫州苟组、冀州邵续、青州曹嶷、宁州王逊，合南北以协请，江东人望纪瞻之流皆敦迫焉，然后践阼而改元，于是而元帝之位定矣。无求于天下，而天下求之，则人不容有异志而允安。东晋之基，成乎一年之需待，此人情天理之极致。其让也，即国之所以立也。66
②元帝之立也，王氏逼王室而与亢尊，非但王敦之凶悍也，王导之志亦僭矣。帝乃树刁协、刘隗于左右，以分其权而自固。然而卒以取祸者，非帝之不宜树人以自辅，隗、协之不宜离党以翼主也；其所以尊主而抑强宗者，非其道也。66
③王敦之横，元帝惴惴而崩。67
清代诗人陈文述在《晋元帝庙》中感叹道：“夕阳回首旧金墉，双阙天开作九重。一帝此间曾渡马，诸臣当日定从龙。江山形胜思京洛，将相功名誓鼎钟。同是偏安更衰弱，临安谁祀宋高宗。”101
近代小说家、历史学家蔡东藩在《两晋演义》中对司马睿进行激烈的抨击，他说：“元帝实一庸主，毫无远略，始则纵容王敦，使据长江上下游，继则信任刁协、刘隗，疑忌王敦，激之使叛，而外无可恃之将，内无可倚之相，孤注一掷，坐致神京失守，受制贼臣，刁协死，刘隗遁，周顗、戴渊又复被戮，其不为敦所篡弑者，亦几希矣。”68
中国现代历史学家黎虎等在《中国通史》“晋元帝”条目中认为：“司马睿是中国封建皇朝中最少权威的一位开国之君。他之所以能够称帝于江南一隅，不是凭借他本人的权威或者实力，而是因为他出身的西晋皇室在当时已成为汉族政权的象征。只有在这一旗号之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能抗拒来自北方的各种势力。在拥立司马睿的大族中，琅邪王氏的势力最强，影响最大，在司马睿建立东晋朝的过程中，他的所有政治活动和各项政策都与王氏家族的关系极大。后来司马睿试图摆脱扶植者对他的控制，但是由于双方力量对比悬殊，这种努力不但没有成功，还终于引发了王敦之乱，导致他的受辱身亡。”7
轶事典故
牛继马后
主词条：牛继马后
关于司马睿的出身，有所谓“牛继马后”的着名传言。据说曹魏时期，有一本流传很广的谶书，叫《玄石图》，上面记有“牛继马后”的预言。曹魏权臣司马懿也曾听过这一预言。司马懿手下有名大将叫牛金，为他立下殊勋。司马懿晚年位高权重时，忽然想起“牛继马后”的预言，认为牛金触犯此忌，将对子孙不利，于是设宴毒害牛金。司马懿的长子司马师不解，问道：“牛金可堪大用，奈何杀之？”司马懿训道：“你忘了石瑞中说‘马后有牛’吗？”司马懿原以为自此司马氏子孙便可高枕无忧，殊不知他的孙子司马觐袭封琅邪王后，其妻夏侯氏竟与王府中一位名叫牛金的小吏勾搭成奸。二人生下一子，在司马觐死后承袭了琅邪王位。此人便是司马睿。69-71
这一故事虽属小说家之言，不能得到更多佐证，被人认为“不免于附会”101
，但却有诸多文献记录。后人因此有所讥讽，如明人李贽直称东晋为“南朝晋牛氏”72
，而不称司马氏。
生平异象
五马渡江
晋惠帝太安年间（302年－303年），曾出现一种童谣说：“五马浮渡江，一马化为龙。”到永嘉之乱爆发后，西晋宗室大多沦亡，随时为琅邪王的司马睿南渡者只有西阳王司马羕、南顿王司马宗、汝南王司马佑、彭城王司马纮，正好印证“五马”之说。最终司马睿成功登上帝位，延续晋祚。73
据说五王渡江处在幕府山（位于今江苏南京）前宣化津，后人为此地取名为“五马渡”。74
践祚之象
据《太平广记》引《洞林记》记载，司马睿还是丞相的时候，有一只麻雀飞落在了小鸡的背上，将它赶走又回来了。这样来回了好几次。当时有个知晓占卜的人说：“鸡属酉，酉属金。所以麻雀前来，是帝王登基的象征。”又有一种说法称，司马睿任安东将军时，曾有三只麻雀踩在一只雄鸡的背上，三次走进他的将军府。占卜的人由此断言司马睿要连升三级做天子。98
调侃殷羡
皇子司马昱降生时，司马睿很是高兴，遍赏群臣。大臣殷羡谢赏时说：“皇子诞生，普天同庆。臣下没有功劳，却辱蒙重赏。”司马睿笑着说：“这事难道能让你有功劳吗！”75
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