对于太子的这个建议，朱载坖还是同意的，之前朱载坖就和学部尚书蔡国熙商量过了，对于福建的科举要大力进行整顿，打破这种科举世家的局面，加强朝廷对于福建科举的控制，打击这些所谓的科举传家的宗族，从江浙等地调遣精通文墨的老秀才等，到闽粤两省充任教师，加强朝廷对于闽粤两省提学使司的控制，从科举的第一步也就是生员的选取中要就加强朝廷的控制。
同时推广教育，尤其是官学教育，对于闽粤两省的私学一律予以革除，这些宗族仍有私学的，不准参加科举考试，断绝他们一经传家的可能性，同时现在的科举内容也有了很大的改变，之前的一经传家已经无法适应现在的科举考试了，朱载坖命令在各府州县建立图书馆，供这些生员士子借阅、抄录科举所必须的各种书籍，学部也要制定统一教材和考试大纲，作为朝廷开科取士的重要标准。
而对于朝廷来说，比较直接的就是要打击走私和清丈田亩，这也是通过经济手段来打击这些地方宗族势力，朱翊釴当然知道朱载坖关心的就是此事，对于朱载坖来说，一向是把关税作为朝廷赋税的重要支柱，对于海关关税，朱载坖是极为看重的，对于走私的打击，也是极为严厉的。
之前朝廷就严厉的打击了浙江、南直隶等处的走私商人，取得了比较好的成效，但是闽粤等地的走私依旧十分之猖獗，在这些地方的走私当中，这些地方的宗族势力起到了极为关键的作用，他们被称为势家，势家通常是地方上体面的乡绅地主。他们所扮演的角色是多元的，他们可能会为了疏通官府而出面，也可能是海上贸易的赞助者或投资者，还可能是出海货物或者从外夷商人那里进口货物的最佳藏匿地。他们的经济活动十分频繁，除自己建造商船出海贸易外，还把多余的商船租借给散商，以获取租金。此外，他们还一定程度把持着牙行。
所以说胡宗宪曾经说过：“治海中之寇不难，而难于治窝引接济之寇。治窝引接济之寇不难，而难以治豪侠把持之寇，去外夷之盗易，去中国之盗难，去中国之盗易，去中国衣冠之盗难！”
这点确实是很痛苦的事情，根据朝廷所派遣的御史、锦衣校尉和海关的奏报，这些地方宗族豪强在走私当中主要是扮演两种角色，第一就是充当作为船主，他们以私人资本造船，创造交通海外的基本条件，船主本人投资于货物，委托他人代为经办。即便海商拥有船主身份，他们也通常不会亲自下海，而会指定自己的代理人。
而这些代理人也是极为亲近的人，一般来说就是所谓的后生、义子等充当，闽粤一带有收养后生、义子、义男的风俗。他们被主人收养，代替主人出海，为主人争取高额的海外贸易利润。
这点俞咨皋是极为清楚的，他也向朱载坖陈述过此事：“漳泉恶俗，童男幼女抵当番货，或受其直而径与其人，而赚得其货，或委身而甘为赘婿，或联姻而借以富家，番华交通，以此为甚，且走私各船，各系富家主造，其驾船之人名曰后生，各系主者厚养壮大。”
这些参与的地方宗族是很多的，不夸张的说，闽粤两省的地方宗族，多多少少都有参与此事的行为，石昆玉和袁可立在广东密查之后也向朝廷奏报：“闽广奸商，惯习通番，每一舶推豪富者为主，中载重赀，余各以己资市物往，牟利恒百余倍。顾海滨一带田尽斥卤，耕者无所望岁，只有视渊若陵，久成习惯，富家征货，固得捆载归来；贫者为佣，亦博升米自给。”
现在闽粤两省，以海外贸易作为主要的谋生获利的手段，这点朱载坖是一点也不稀奇的，但是他们的走私行为是朱载坖所不能够容许的，而除了在走私活动中充当势家之外，还有一种宗族势力，在走私活动中所扮演的角色就更加重要的，就是控制一些私港的宗族。
能够控制私港的宗族，那绝对不是一般的宗族，这点朱载坖和太子都是十分之清楚的，这些宗族在当地尤其是官面上是有很强大的实力的，才能够保证自己能够控制一个走私港口，从中获取巨额利润，中国商人与外国商人在沿海的走私港口接头，相互购买对方所必需的商品。更有时候，当沿海的地方官员愿意在接受贿赂之后放纵这些行为，对于这些走私港口采取睁一只眼闭一只眼的态度。
但是能够在沿海拥有自己的走私港口的宗族，势力是极为庞大的才行，一般的官僚家庭都摆不平这种事情，因为不仅仅要解决地方官府，还有海关总署的缉私水师、朝廷的巡海水师，沿海的卫所等，都要能够一一打点摆平，其中所需要的能量，不是一点半点的。
不过就现在朝廷的调查来看，可以确定的就是同安林氏，他们在走私中所扮演的角色是极为重要的，同安林氏最重要的一个人物就是林希元，他在嘉靖朝达成了成就就是扳倒了厉行海禁的朱纨，逼其自杀，同时在倭寇作乱的时候，林希元还能够保全桑梓，用他自己的话说就是：“杀夷则伤仁，纵夷则伤义。治夷，其在仁义之间乎。乃偕至海沧，度机不杀不纵，仁义适中，夷乃解去，岛夷既去，乃即公馆改为书院。”
朱载坖对此只是一笑付之，林希元有这么大的本事凭借三寸不烂之舌就使得倭寇退兵，那戚继光、俞大猷等人岂不是成了笑话？唯一的可能就是林希元自己就是倭寇背后的大金主了，这点其实在当初朱纨参劾林希元的奏疏中就有所体现，朱纨认为林希元虽罢官回乡，但却一点也闲不住，私自出海，招降纳叛。二十年之间，林希元家族发生了巨大的变化，人口发生了激增，从原来的三口变成了八十口，积累了巨额的财富。
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