在女真人突入叶尔羌的营寨之中后，官军的腾跃兵也加入其中，在叶尔羌的营垒中制造混乱，这下阿布都克里木不能再坐视了，他派出了自己麾下的精锐武士，想要制止官军的进攻，同时稳定住自己的营垒，但是这个时候官军已经楔入了叶尔羌人的营寨，即便是这些所谓的精锐武士也很难力挽狂澜了。
而在马栋部抵达之后，吴兑立即将指挥权交给了马栋，马栋毕竟是专业武将，在这些方面显然是比吴兑这个文官要强的多的，马栋接过指挥权之后，直接查看了现在战场上的形势之后，命令官军步卒以营为单位，向叶尔羌人发起进攻，同时将之前被吴兑所派出去实施突击的炮兵收拢。
马栋将炮兵收回来之后，没有让这些火炮在正面支援官军，因为现在官军正在和叶尔羌人肉搏，这个时候炮兵开火，极易误伤，所以马栋将这些炮兵放置在了叶尔羌人的侧翼，同时集中火炮打击叶尔羌人的后方，制造混乱，这种侧射火力对于叶尔羌人所造成的打击是极为沉重的。
戚继光之前在官军的炮兵使用则例中明确指出：如果说战斗的目的是取胜，击败敌人，那么打击敌人士气便是通向最终目标的康庄大道，而一切杀死、击伤、疲惫、迷惑、惊吓敌人的手段，都是通向这条康庄大道的羊肠小路。而火炮最大的作用就是在敌军中制造恐慌，打击敌军的士气。在实战中，真正死于炮击的人是有限的，但是在决定性的时刻，炮击往往能够使得敌军的士气大受打击，从而使得己方获胜。
而火炮的斜射就是一种很有效的手段，该战术通过改变射击角度，能够扩大火力控制区域，尤其针对横宽目标时可显着提升杀伤效率，该战术通过改变射击角度，能够扩大火力控制区域，尤其针对横宽目标时可显着提升杀伤效率，提高对于有生力量的打击效果。
不仅仅使得叶尔羌人遭受了极大的有生力量削弱，同时也使得叶尔羌人的军心士气受到极大的打击，侧翼火力是最有效的。斜射是指炮兵阵地与其瞄准的目标形成20度或更大的角度。同时马栋将这些炮兵予以编组，轮流射击，始终保证官军火力的持续性，这对于这些叶尔羌人来说是极为痛苦的。
尽管叶尔羌人的兵力远远多于官军，但是在面对官军有组织的火力下，叶尔羌人损失惨重，军心士气也受到极大的打击，而之前吴兑也已经传檄董一元，命令他麾下的骑兵迅速驰援，拦截叶尔羌人，董一元指挥官军迅速通过火焰山，取道原高昌故城直奔交河。
而随着官军的进攻，叶尔羌人也在逐渐发生动摇，不过阿布都克里木也不是什么省油的灯，他将自己麾下的骆驼集中起来，用骆驼骑兵冲击官军，这些骆驼骑兵确实是给官军造成了不小的伤害，但是马栋随即还以颜色，命令官军的火炮集中，同时向前推进，使用霰弹在侧翼集中攻击叶尔羌的侧翼，这给叶尔羌人造成了极大的有生力量损失，同时使得侧翼的官军迅速有所突破，从侧翼包抄了过去。
李如柏所指挥的官军腾跃兵则是在两翼实施突击，他们所携带的短铳、加重手榴弹在近战中有极大的优势，这些短铳在近战中使得官军的腾跃兵有了先手优势，官军腾跃兵往往是先用短铳一顿攒射，然后在极近的距离投掷加重手榴弹，趁着手榴弹爆炸所形成的烟雾与混乱，冲进去大砍大杀。
而额亦都和何和礼所率领的女真人反倒是官军最老实的，他们是老老实实和叶尔羌人肉搏，凭借着自己的悍勇作战，而董一元也在催促官军骑兵加快脚程，驰援交河，他很清楚吴兑和马栋部的兵力不足，所以现在是马蹄和时间的竞赛了。
官军是在吃过早饭之后发起了进攻，战至中午，不光是官军，连叶尔羌人也都是精疲力尽了，所以吴兑为了减少伤亡，果断选择再次收兵，官军撤回了之前的攻击出发阵地，看似官军打了个寂寞，但是实则官军的战役目标已经达成了，官军主要就是为了迟滞叶尔羌汗国的进攻，而收兵之后，官军也在抓紧时间休整，利用口粮快速恢复体力，这些朝廷所提供的口粮虽然口感极为不好，官军士卒们不到万不得已是绝对不会食用的，但是现在就是万不得已的时候，官军需要抓紧时间恢复体力，应对接下来的大战。
而叶尔羌军队的一个行为则是彻底激怒了官军，有一些官军士卒的遗骸在撤退的时候没有来得及的收敛，叶尔羌人居然将这些官军士卒的遗骸分尸并挂起来挑衅官军，这使得官军士卒们极为愤怒，马栋、李如柏等官军大将们纷纷请战，要求继续进攻，军心汹汹，吴兑也不敢违逆，何况叶尔羌的行为在大明士卒们看来是绝对无法容忍的。
官军士卒们在休整恢复了体力之后再度准备进攻，而董一元所派遣的尖哨也堪堪抵达了战场，董一元部距离吴兑部仅有五十里了，援军即将抵达使得官军的士气更加振奋，官军在休整之后继续进攻，而叶尔羌人也从早上的状态中恢复了过来，他们集中了大量的重甲士卒在阵前，掩护他们的火铳手，同时将自己为数不多的火炮也拉了出来。
对于叶尔羌人的火炮，官军炮兵自然是极为重要的，在优先照顾了叶尔羌军队的火炮之后，官军再度发起了进攻，这次官军调整了方略，由于经过多次的打击，官军对于叶尔羌人的火器性能已经比较熟悉了，所以官军这次在六十步的距离上和叶尔羌人对射，这个距离对于叶尔羌人是十分难受的，鲁密铳很难够到官军，但是官军的火铳可以轻易的命中叶尔羌人。
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