朱载坖很清楚，苏松巡抚之所以效果不好，除了南六部的掣肘之外，还有就是苏松地区本身的事务繁忙，这点在一些经济发达地区已经有所显现了，除了苏松之外，杭州、广州等地，地方官府事务繁杂，甚至连布政使司和巡抚都难以处理也是已经是很正常的事情了。
朱载坖自然是对于南京六部的职权要予以调整了，大明实施的两京制，不管是京师顺天府还是南京应天府，都是大明的都城，在政治地位是是平等了，作为大明的留都，南京也有一整套的中枢行政班子，而且和京师是级别一致的，虽然南京六部等衙门在实际权力上肯定是不能够和京师的部院衙门相比的，但是在地位是平等的。
用大明会典中的话来说就是：“江南财赋之地， 无事则已 ， 有事则南北阻绝，故特重也。”朝廷在南京设立六部并且保留相应的职权，主要原因是为了加强对于东南的控制，但是随着情况的变化，南京六部现在反而成为朝廷加强对于地方控制的障碍了，这点是朱载坖这次相关改革的核心的问道，就是明确南京六部和朝廷的关系。
以户部为例，在之前的朝廷建制中，南京户部作为大明留都财政部门，与户部同属中央机构，且两京户部属官品秩相同，在形式并没有隶属关系，而南京户部有自己的财政收入来源和开销途径，因而在一定程度上拥有不同于地方机构的独立性。南户部和户部成为了两个财政机关。
在财政收入方面，南京户部有自己的银库、仓储收入用于本部相关事务的支用，之前的规定是本色稍有赢余，亦听南部自折自用，而南部户部由于掌握着南直、湖广、江西等地的起运钱粮的运输、储存等事，其财政状况是远远好于京师户部的，在之前财政宽裕的时候，经费各有正额，仓不借库，库不贷仓，北不需南，南不输北，以一岁之入供一 岁之出，充然足用而不穷，南北两京户部各司其职，互相负责自己的地域。
但是从正统之后，朝廷的开支紧张，为了弥补朝廷用度不足，户部也就打起了南京户部钱粮的主意，但是户部要想支用南京户部钱粮，必须要请旨之后得到准允才行，户部对南京户部财政收入无权直接调拨，即便是朝廷用度最艰难的嘉靖年间，时任户部尚书的方钝要想支用南京户部的钱粮，也要上疏嘉靖，以急于星火，而无地可复加派，无处可吏搜括为理由，请求嘉靖圣裁之后以借支或者协济的形势直取部分钱财，这点也说明了南京户部还是有相对的独立性的。
但是其实在京师已经是大明实际上的首都和行政中心的前提之下，南京六部在地位上是和京师六部不平等的，这种不平等表现在各种方面，很简单的一个体现就是作为南京户部尚书，大司农不能自行其意，一一取决部覆而后能下藩郡，诸司索之愈急应之愈缓，南京户部尚书在很多时候是受制于京师的。
对于留都钱粮之事，南京户部尚书虽可上疏皇帝报告，但无一不需要经户部覆议，而户部的覆议很大程度上决定着南京户部所奏之事的最终决议。南京户部虽然有一定的自主权，但是毕竟还是受制于户部的，这点还是很明确的，但是朱载坖认为这样还是不够，虽然朝廷设立了南六部，但是京师作为朝廷中枢的地位是不能动摇的。
这点也得到了内阁和六部的支持，在具体的行政当中，南六部和内阁、六部甚至和督师南京大学士之间龃龉颇深，他们对于南六部也确实是有些头疼的，但是留都建制也算是大明祖制，即便是朱载坖也不能直接说将南京六部予以撤销，这点是肯定不行的，朝廷要在保持南京各部院建制的情况下，对于南京的各部院予以调整。
这点其实大明已经有过经验了，对于南京六部，从洪熙以来，留守南京的这套机构在国家权力机构中一直是实际上的留都机构，虽具有同京师各部院一样的品级，但始终在职权与地位上与北京各部院无法比拟，不仅时常遭到人员裁减，甚至其衙门官署也得不到重视，“六部司属公署零星狭窄，若刑部诸司，几不蔽风雨矣”。
不给南京各部院配置足额的官员，也是朝廷制约南京各部院的一个重要手段，而以南京户部为例，按照朝廷规定，文职公署，衙门、官员品级与北京同，从编制来说，南京户部组织机构和人员配备亦与户部相似。从组织机构看，南京户部同户部相仿地设有司务厅、照磨所、十三司等本部机构，辖有“宝钞提举司，广积库，承运库，赃罚库，甲、乙、丙、丁、戊五字库，宝钞广惠库，军储仓，长安、东安、西安、北安四门仓，龙江盐仓检校批验所”等直属机构。
而在官员配置上，南京户部设尚书一员，正二品；侍郎一员，正三品；司务厅、照磨所各设司务、照磨一员，下属十三司置郎中、员外郎、主事数人，宝钞提举司提举一人，各库、仓亦设大使或副使一人，但是实际上朝廷并不会给南京户部配置相应的官员，首先是左右侍郎，照例南京户部仅有一人，其两厅十三司属官，也屡次遭到裁削，正统年间对南京官员的裁汰甚至使作为堂上正官的南京户部尚书一职连续九年出缺，实际上没有南京户部尚书也并不影响南京户部的作用。
而这次朱载坖认为主要是针对南京各部院的堂官，朱载坖认为在南京保留这么多二品堂官是没有必要的，应当予以裁汰，以保证朝廷官员不冗滥，同时加强对于南京各部院的管理，厘清南北两京各部院的职权关系，除了必须要保留的之外，革除南京各部院堂官。
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