第二年，401年二月，孙恩第三次杀了回来，不过又被刘牢之打回了海上，不过这次没有直接回老巢，反而沿海攻到了户渎，就是现在的上海。当刘牢之带人追来时，又一路沿长江打到了京口，就是现在的镇江，这里离南京可是很近了，不幸遇上了另一位猛将兄刘裕。刘裕的勇猛就不多讲了，绝对是以勇武着称的开国皇帝，孙恩和刘裕一接触就知道和人家根本不是一个重量级的，如果自己是50公斤级的，人家绝对是200公斤++的，被一顿痛扁大败后继续上船，继续逃跑。
到了船上，孙恩自信心又回来了，在水上，孙恩还真的可以说无敌，刘牢之和刘裕再强也打不过水上的海盗，只能在岸上跟着孙恩跑。孙恩呢，回头就打下了广陵，就是扬州，搜刮一翻后，看着离人家老窝太近，没什么安全感，又沿江回到海上，一路向北。刘裕一路沿岸跟着，深情得凝望着孤帆远影、百舸争流、千帆竞过……所幸，总算是在郁洲，就是连云港追上了。双方多次交手，最后孙恩还是不敌，被刘裕收拾得没了脾气，这次出来消耗得也差不多了，再也没有实力抢滩，无奈之下，只好带着几条破船沿海向南，打算回老巢休整。此时的刘裕，再凝望着那几条破帆消失在夕阳之中，心情自然就不一样了。
到户渎时，孙恩又被刘裕截住，雪上加霜，几乎被全歼。此时此刻没有诗哪行！忍不住想把毛爷爷的着名七律“人民解放军占领南京”送给刘裕，也送给孙恩。钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而康。宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。天若有情天亦才，人间正道是沧桑。
反派人物孙恩，并没有被打死，就像小强一样，五月，回到海岛上舔舐着伤口，慢慢积攒着力量。
402的那一年，江南是一个乌烟瘴气，乱七八糟的一年，发生了很多大事。这一年恒玄打进了建康，刘牢之上吊自杀，三吴之地 大 饥荒?……。北方不安稳，饥荒、战乱，甚至连高句丽都打进了后燕，这个高句丽是哪大家应该都知道吧，后燕呢，就是金庸小说里的慕容复一心想恢复的那个国家。总之，这一年华夏命犯太岁，诸事不顺。
孙恩这个祸害，第四次抢滩来了，这次的目标是临海。但这次却没掀起多大浪花，直接被太守辛景打跑了，小强没能继续强下去的传说，所谓的穷途末路来了，从海里来，回海里去，孙恩最终兵败跳海自杀了。跟随孙恩自杀的还有几百个死忠。史书最后记载，“妖党及妓妾”说孙恩是水仙，是借水尸解成仙了，跳水自杀不是死而是成仙，这是宗教的力量，这也是信徒能跟着他跳海自杀的主要原因，稍后我们再分析。
至此，孙恩成了过去。
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