其实在金州水师惨败后，皇太极就得到了代善大军遇到危机的消息，但苦于制海权的丧失，如何能从登莱反攻？
尚可喜也不多做解释，他深知，水师的打造倾注了皇太极大量的心血，如今主力尽殁且是被明军所得，今后金州沿岸恐难有宁日。
于是逃回来后直接前往盛京向皇太极领死，不想皇太极虽然暴怒但还是以尚可喜保住了水师最后的火种为由，赦免了他，仅罚俸两年，取消都元帅封号，降为金州水师将军。
这么轻的处罚，让尚可喜感激的当场老泪纵横，当场砍下自己的一只左手小指，立下誓言要重振金州水师，为大汗夺回制海权！
皇太极其实并非不想杀他，只是后金懂海战的人才寥寥无几，如今水师受到如此重创，再杀了自己的大将，又有何用？不如宽宥尚可喜，准其戴罪立功，又落下贤明仁厚的美名，何乐而不为？
但援救代善的工作，令皇太极夜不能寐，代善作为四大贝勒之首，对皇太极忠心耿耿，最难能可贵的是，代善指挥作战极为老道，是大金少数智谋卓越的帅才，因此皇太极下令不惜一切代价援救它！
在众大臣的建议下，皇太极一面命人向山海关作出佯攻的态势，逼迫山海关方向的明军不敢南下夹击代善，另一方面让山西的范永斗等汉奸商人，大肆向关隘守军将领渗透，让代善能不费吹灰之力地破关而出，重新返回盛京。
当他在盛京见到了像苍老了十岁的大哥代善，又听闻他让自己的儿子断后，惨死于乱军之中的消息后，两兄弟只是抱头痛哭，令在场众人无不落泪。
不过后来看到代善带回的如此海量的人口物资，皇太极觉得这趟南征依然是大获全胜的！
因为虽然回来的部队中，就是正红旗损失较大比较麻烦，其他损失的汉军部队有了这么多包衣后，要组建多少没有？
他当场就将最新捕捉来的生女真两千多人充实给正红旗，同时将孔有德的天佑军恢复建制，多造大炮，进一步充实火器部队的实力。
听闻耿仲明、巴布泰被赵信活捉，他打算派出使者去京师赎回，堂堂九贝勒被活捉，不赎回来太丢人了。
当日夜里，皇太极在宫中给南征回来的代善等人设宴压惊，代善和孔有德等人均表示赵家军战力之强，战斗意志之坚决，均为明军各支部队的翘首，万万不可让赵家军崛起，否则大金将永无宁日。
代善尤为动容的表示，“明朝原来的优势只在于火器，如今大金也有相同甚至更优之火器部队，已经不足虑也！但赵家军却能在火力兵力均处于劣势之下，依然视死如归向我军频频发起敢死逆袭，这实在太可怕了！”
“若明军人人如此，大金何日能入主中原？”
皇太极等人对代善的话深信不疑，因为代善向来敢战能战，他都能吃如此大亏，足见此人不一般。
范文程提出，赵信此人，可以一边试着诱降，如若不成，则务必加快入关步伐，因为只有入关后，八旗的铁蹄才能对赵家军进行威胁，只要乘其还未壮大，一举灭之，大金依然胜算极大。
宁完我分析，当下俘虏抓回来如此之多，原有的农奴制度已经无法胜任，需要进行改制，提升官僚机构的运作效力，最大限度的挖掘大金的战争潜力，为入关做好制度上的准备。
经过讨论到深夜，皇太极终于作出了重大决定，后金仿明廷（其实他自己想也想不出来），设置六部，对八旗尤其是汉军部队的建制作了进一步的细化和明确。
任命议政和硕礼亲王代善总理六部，六部长官之首为承政，参与行政事务决策。
具体为：
吏部承政，爱新觉罗·代善（兼）
户部承政，爱新觉罗·阿敏
礼部承政，范文程
兵部承政，爱新觉罗·莽古尔泰
刑部承政，爱新觉罗·济尔哈朗
工部承政，宁完我
从这份名单上可以看出，皇太极仿设六部，以贝勒总领，各部承政是国家事务主要执行者，有些干脆就是贝勒和承政同一人。
他们逐步开始由皇太极任命，只听命于皇权，实际上变相了削弱了原来贝勒在六部实权，保证皇权在中央机构中独尊地位。
吏部承政在皇太极授意下，已经初步具有了考核官员的权力。吏部承政与贝勒共同考核官员，起到了监督和限制本部贝勒权力的重要作用。
户部掌管国家土地分配、赋税征收以及人口户籍管理等财政方面事务，是关乎国家大计的重要部门。
礼部掌管国家筹办学校、举办科举考试以及与外藩、别国交往的各项礼仪等事务。
清入关前，皇太极共举行了三次科举考试，为后金培养了大批治国理政的人才。
同时，礼部承政也肩负有监察贵族和官员行为规范、礼制规范的职责。
兵部管理国家绿营兵籍及武职官员，但此时的兵部分类不细，职能较为简单，主要负责调配军役，颁布军令。
刑部承政在审理案件时，会先按照法律明文规定对被审理者进行定罪，然后向皇太极禀报，由皇太极做最后裁决。
工部承政主要负责监管土木、水利等官办工业事务，督造水师战船与兵器打造等军务。
六部承政的其他职能中大部分属于临时差遣性质，即皇太极直接任命承政处理政治事务。
承政奉旨行事一方面表明他们深得皇太极信任，另一方面这也体现出皇太极试图通过直接派遣官员处理政事来达到削弱议政大臣权力，加强皇权的目的。
对汉军部队的改革也如火如荼的开展起来，祖大寿为汉军总督（形式上最高长官），孔有德为汉军督军（实际上最高指挥官），主要为步军，下设“前后左中右”五军，每军满编5000人，设统领一名，协领两名，另有配属骑兵一军。共计三万人。
通过这一系列的改革，后金的工作效率大大增强。
皇太极信心百倍的表示，待改革彻底巩固后，必将是大金南下入主中原的时刻！
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