太元十一年（386年）八月，孝武帝加封孔子后裔孔靖之为奉圣亭侯，并创建“宣尼庙”以供其奉祀孔子。[33]孝武帝时期在建康创建的孔庙是曲阜阙里之外建立孔庙的滥觞。孝武帝尊儒兴学的举措，也是与政治上恢复皇权相配套的，不过收效不是很好，国子祭酒殷茂上疏称：“自学建弥年，而功无可名。惮业避役，就存者无几；或假托亲疾，真伪难知，声实浑乱，莫此之甚”，请求孝武帝加以整饬。孝武帝虽采纳他的意见，但未见举措。
孝武帝还实施弘扬佛教的文化政策，他在宁康三年（375年）遣使请高僧竺法义“出都讲说”[34]，太元六年（381年）正月“初奉佛法，立精舍于殿内，引诸沙门以居之”。[1]在《高僧传》、《广弘明集》等文献中，保存了孝武帝所颁发的《俸给释道安诏》、《诏赙竺道潜》、《诏赙竺法汰》、《与朗法师书》等文书，反映了孝武帝与高僧大德们的密切关系。孝武帝还修建皇泰寺，捐献潜邸为本起寺。[35]由于孝武帝对佛教的扶持，佛教势力得到了相当大的发展。一些佛教徒也得到孝武帝的宠幸，进而影响朝政，史载“姏姆尼僧，尤为亲昵，并窃弄其权”。
历史评价
宋明帝刘彧所撰《文章志》的评价是：“帝聪惠，推贤任才。”
魏收等《魏书》的评价是：“昌明年长，嗜酒好内，而昌明弟会稽王道子任居宰相，昏醟尤甚，狎昵诌邪。于时尼娼构扇内外，风俗颓薄，人无廉耻。”
唐代某“公子”（可能是唐太宗）与虞世南的对话：“公子曰：‘（东晋）中兴之政，咸归大臣，唯孝武为君，威福自己，外摧强寇，人安吏肃。比于明帝，功业何如？’先生（虞世南）曰：‘孝武克夷外难，乃谢安之力也，非人主之功。至于委任会稽（司马道子），栋梁已挠，殷（仲堪）、王（恭）作镇，乱阶斯起，昌明之谶（指“晋祚尽昌明”），乃验于兹。加以末年沉晏，卒致倾覆，比踪前哲（晋明帝），其何远乎？’”
房玄龄等《晋书》的评价是：①“太宗晏驾，宁康纂业，天诱其衷，奸臣自陨。于时西逾剑岫而跨灵山，北振长河而临清洛。荆吴战旅，啸叱成云；名贤间出，旧德斯在。谢安可以镇雅俗，彪之足以正纪纲，桓冲之夙夜王家，谢玄之善断军事。于时上天乃眷，强氐自泯，五尺童子，振袂临江，思所以挂旆天山，封泥函谷，而条纲弗垂，威思罕树。道子荒乎朝政，国宝汇以小人。拜授之荣，初非天旨；鬻刑之货，自走权门。毒赋年滋，愁民岁广，是以闻人、许荣驰书诣阙，烈宗知其抗直，而恶闻逆耳，肆一醉于崇朝，飞千觞于长夜。虽复‘昌明’表梦，安听神言？而金行颓弛，抑亦人事。语曰‘大国之政未陵夷，小邦之乱已倾覆’也。属苻坚百六之秋，弃肥水之众，帝号为‘武’，不亦优哉！”②“君若缀旒，道非交泰。简皇凝寂，不贻伊害。孝武登朝，奸雄自消。燕之击路，郑叔分镳。倡临帝席，酒劝天妖。金风不竞，人事先凋。”
王夫之评价司马曜为“昏湎之主”，并认为“晋亡决于孝武之末年”。
蔡东藩《两晋演义》中的评价是：①“恶习都由骄纵成，家无贤弟咎由兄。尊亲尚且难施法，假手群臣乱益生！”②“家无贤子弟，家必败，国无贤子弟，国必亡。……彼晋孝武帝之纵容道子，弊亦相同。道子固同母弟也，然爱弟则可，纵弟则不可。道子不法，皆孝武帝酿成之，委以大权，与之酣饮，迨至道子贪婪骄恣，宠昵群小，乃始欲分置大臣以监制之，何其谬耶！而王国宝辈更不值评论也。”
史学家吕思勉的评价是：“晋孝武帝性甚愚柔，虽以苻坚之送死，幸致肥水之捷，此乃适值天幸，非其有戡乱之才也。帝任会稽王道子，政治大乱，逮至大权旁落，又用王恭、殷仲堪以防之，所任亦非其人，肇致桓玄之篡窃，刘裕因之得政，而晋祚终矣。”
史学家田余庆的评价是：“史籍所载，孝武帝是昏君，司马道子父子是乱臣，这些都是事实。但，在这些昏君、乱臣的某些行事中，却体现了门阀政治向皇权政治的转折。回复皇权政治，是回复中国古代历史的常态。这是客观的历史趋势，与评价门阀政治无关，也与评价人物无关。或者还可以说，正由于昏君乱臣当朝，本来是可能有所收获的恢复皇权的活动，才没有出现真正的成效，徒然成为一阵噪音，一场闹剧。”
轶事典故
降生奇闻
据史籍记载，司马曜的降生颇具灵异色彩。其说法有不同版本，《晋书》记载会稽王司马昱已年过四十，他的世子司马道生被废黜，司马郁也夭折，其他儿子都早死，为此非常着急，想尽种种办法生儿子。最后让相士给诸妾看相，结果相士看中了皮肤黝黑的婢女李陵容，司马昱乃召其侍寝。李陵容多次梦见双龙枕膝，日月入怀，后来果然生了司马曜兄弟及鄱阳长公主。据说生司马曜的前夕，李陵容在怀孕时梦见有神仙对她说：“汝生男，以昌明为字。”等分娩的时候东方已明，便以昌明为字。司马昱曾看见“晋祚尽昌明”的谶语，等司马曜出生后果然以昌明为字，不禁流下眼泪说：“没想到我们司马氏的昌明就这么出现了！”
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