之后神盾局解散，天锤局成立，他成为超自然部部长，为组建特战小队而忙碌，其间与变种人一方的接触，西伯利亚带回来的几个冬兵，毒液特工艾迪·布鲁克，吸收人，之后还追击约翰·加勒特这个九头蛇分子，为自己的克隆体和自己报仇，都是令他感到畅快且有意义的事情。
但是当说到变种人，说到黑凤凰就不轻松了。
琴·格蕾是他来到这个世界之后遇到的第一次涉及到生命安危的敌人，而且还是对他可是无比的敌人，即使是他与X教授一同也没有抵抗下来，甚至后来若不是琴·格蕾的意识稍稍影响到了黑凤凰甚至做出了相当于自杀的举动，他在那一次估计就已经彻底死掉了。
而且即便活了下来，他的一条手臂也被凤凰之力摧毁了。
杰西卡对此事完全不知道，听到肖恩这么说顿时惊呼起来，忽的从肖恩旁边起身，拉起肖恩的两条手臂就捏了起来，令肖恩不禁笑着解释，他的手臂都是真的。
安抚了杰西卡，让她摆清自己是个听者的位置，让她不要再打断，因为接下来的事情才是真正的磨难之始。
黑凤凰一事之后，精神力量被封锁了起来的肖恩开始找出自己的不足，黑凤凰的那种强势实在是给了他太大的震撼，心灵宝石就是他那时候第一个想到的能够帮助他的事物。
正巧那时托尼·斯塔克来找他寻求帮助，于是复仇者原成员第二次聚集也是最后一次合作，共同攻打九头蛇的堡垒，结果心灵宝石还没有拿到手，那个在神盾局覆灭时被九头蛇的科学家带走的特殊克隆体醒了过来。
说到这个特殊克隆体，肖恩的声音便有些低沉，杰西卡不是肖恩，自然不知道他面对克隆体时候的复杂心情，但是从肖恩的情绪变化之中，却也是能够明白一些，因此只是温柔的搂着肖恩的胳膊，安安静静地等待。
没有停顿多久，肖恩就继续说起这场一波三折的战斗，从最开始攻破九头蛇堡垒拿到心灵宝石这个目的开始转折，忽然间就变成了克隆体控制了大半复仇者，敌人也变成了克隆体，之后危急时刻被快银和绯红这对双子救下，可谓惊险至极。
再然后毁灭博士维克多·杜姆的国家被克隆体攻占，还控制并且改造了毁灭博士的机器人，毁灭博士这个曾经的敌人变成了盟友，并且还与特和托尼·斯塔克等人一同对抗克隆体，可惜，敌人就是敌人，即使因为种种缘故而一时合作，很快还是会再次转变阵营。
但更可惜的是，毁灭博士最终把自己给玩死了。
之后便是对付克隆体，这个过程之艰难对于那时失去力量的肖恩来说不言而喻，听的杰西卡也一阵阵心焦，忍不住用力抓住肖恩的胳膊。
肖恩面色淡然继续讲述，继续说起双生子的来援，以及之后史蒂芬·斯特兰奇这个名声不显却是实力非凡的至尊法师，也是那一次，原本已经擦肩而过的凤凰之力彻底盯上了他。
对付克隆体的过程总算是排除万难取得胜利，可是纵然赢了，纵使肖恩最终得到了心灵宝石，甚至还借助克隆体的力量终于取回了他的力量，并且还更上一层楼，但当这一切结束的时候，肖恩心里是高兴还是悲伤连他自己都不甚确定，毕竟，克隆体想要的很简单，只是活下去罢了，而克隆体的悲剧，却是他一手造成。
说到这里，作为听众的杰西卡不禁愣住了，当肖恩说到克隆体这个敌人时，她自然是充满了厌恶排斥的，因为她当然是站在肖恩这一边的，可是当听到最后时她才明白过来，肖恩不是在炫耀自己的战绩，而是愧疚且悲伤。
悲伤早已经过去，即使偶尔想起，肖恩纵使有些自责情绪，也只是埋藏在心里并不在表情上面显露出分毫，更何况就算他纠结这件事他又能怎么做？难道将克隆体复活过来？还是改变过去？
他当然不可能那么做，纵然他已经挣脱了时间线，因果之类东西已经无法再对他起到任何效果，可及时他这么做了，难道就能弥补心中的伤疤吗？所以，他什么都没有做。
这些肖恩没有对杰西卡说，毕竟即使是坦白，却也并不是连这些都要一一说明白的，而且杰西卡也的确对这些不感兴趣，她只是有点心疼肖恩。
肖恩继续诉说。
克隆体一事为肖恩打开了一闪崭新的大门，原本的桎梏已破，他的力量飞速增长，借助心灵宝石，又在手合会信仰之神的力量上面找到一丝契机，他的实力终于更上一层楼。
只是，当他达到那种地步之后才发现，一切还都是开始。
关于非常人注册法案，肖恩本来不想多说，因为此事虽然有他的一些手脚，但是他所做的也的确只是一些而已，这一系列的事件虽然涉及时间漫长，波及范围由上到下很广很深，甚至包括美国政府以及五大国的一些机密事件，但是在肖恩想来杰西卡应该不会有什么兴趣。
杰西卡对于那些机密事件的确没有什么兴趣，她有兴趣的是超级英雄内战。
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