在收服了小火龙后，小智一行人接着朝着24号公路前进。在经过前方路口正中间位置，三人一脚踩空掉到了陷阱中，三人掉下陷阱后罪魁祸首出现
正是一群全身蓝色皮肤、背着棕红色龟壳的龟类宝可梦-杰尼龟
这些杰尼龟都戴着圆形的墨镜，一只与众不同戴着尖角墨镜的杰尼龟便是杰尼龟军团的老大
几只杰尼龟看到小智等人掉入它们设计的陷阱，大声嘲笑三人的愚蠢和对它们的杰作感到满意
小智三人看到头上嘲笑着几人的杰尼龟，便知道了始作俑者就是它们
气急败坏的看着这些喜欢恶作剧的杰尼龟，小智三人靠着陷阱边缘、一步一步慢慢吃力的爬上来，三人都非常生气。
势要给这些杰尼龟一个教训，这些戴着墨镜的杰尼龟们无动于衷的笑着狼狈不堪、吃力爬上马路的小智三人。
小智三人从图鉴得知原来这些恶作剧的正是御三家中水系的杰尼龟
小智看到是杰尼龟动了收服的心思，派出皮卡丘去作战
皮卡丘听到命令一马当先，冲到这些杰尼龟面前，脸颊上时不时冒出细微的黄色闪电
对着这些杰尼龟使出了电击技能，一道电击突如其来劈向这些为首那只杰尼龟老大。
它身旁的小弟看到那道电击劈向老大，用自己的身躯挡在大哥的面前。
它正中那道电流，整只龟被电麻了过去，昏倒在地上
身旁的杰尼龟大哥看到小弟为了自己整只龟被电晕了，非常生气，要找回场子。
它站出来对皮卡丘挑衅，皮卡丘当然不惧危险。两只宝可梦双方瞪大了双眼，眼中激射出战斗的信号。
突然远处传来警笛声，杰尼龟老大听到声音感到不妙，连忙对身后的小弟们发出撤退的信号。
收到大哥的命令，所有杰尼龟闻风而逃，一溜烟消失不见了。
小智三人懵逼得望着这些杰尼龟，正当三人发呆时英姿飒爽的君沙小姐开着警制摩托出现在三人面前，正是摩托上的警笛声把这些杰尼龟吓跑的
她把摩托停在小智三人面前，她询问小智三人是否受伤，君沙小姐将小智三人带回到镇子上，向三人介绍刚才那群杰尼龟是镇子上有名的杰尼龟军团
三人得知这些杰尼龟都是被主人抛弃的宝可梦，小智一听又想到了它那两只同样是被抛弃的妙蛙种子和小火龙，看来我小智是天生的捡漏大王。杰尼龟也是天生跟我小智有缘
君沙小姐说它们非常喜欢到处恶作剧，给镇上的居民带来很多困扰。
君沙小姐为它们感到叹息，如果当初它们能够遇到对它们好的训练家的话，现在它们也不会变成这样
小智听完后也做出叹气和惋惜，这些杰尼龟真的好可怜。。
另一边的武藏、小次郎、喵喵三人从华蓝市的警察局出来以后，便一路赶路。
希望能够追上小智等人，他们还希望小智等人能帮他们报仇雪恨呢
这段时间因为他们的失利，坂木老大也对他们失望透顶，很长时间没有联系他们。
他们当然也不敢主动去联系，他们也在一边的搜寻着黑牙组织的线索
希望能从中找出些蛛丝马迹给警方提供情报，警方给他们戴罪立功的机会，前提是他们能够不再作恶。
正当他们在密林中准备吃便当时，他们三人遭遇了杰尼龟军团，会说话的喵喵充当起了翻译。
杰尼龟们要让他们便当交出来，他们当然不肯。结果被杰尼龟军团一网打尽，绑在树上。而他们准备的食物全部被这些杰尼龟吃掉了。
三人希望杰尼龟们能将他们给放了，他们愿意把身上的赏金都给杰尼龟等人
但杰尼龟经历过被主人抛弃之后对人类便不再信任，它们拒绝了火箭队三人的恳求离开了
黑牙组织的成员们这次也出现在这里，他们在林中遇到这群对人类没有好感的杰尼龟，便利用它们去对付这个镇子上的人们。
黑牙组织这次来了一个领队，被誉为十二小星宿的鼠一。他本人带着一个老鼠的面具，这次他们接到的任务是对这个镇子大搞破坏，抓捕稀有宝可梦和收集镇上大量的金银财宝
让这些杰尼龟对付镇上的居民的主意就是他所想，他利用这些杰尼龟对人类的仇恨、不费吹灰之力便能达到目的，最后再将这些杰尼龟统统抓捕
在黑牙组织成员们的煽动下，杰尼龟们来到镇上大搞破坏。镇上的警察们为了保护镇上的安定全部出动。
而这时的警局空虚，黑牙组织们便趁着守备虚弱，拿着机枪武器冲进了当地的宝可梦中心和宝可梦银行将它们洗劫一空。
在出警路上接到报警电话的君沙小姐和民警们感到错愕，后来才发现这是中了敌人的调虎离山之计，懊恼的同时赶紧回去增援。
很快反应过来的警察们，将这些犯罪分子团团围住，为首的鼠一仗着在银行里绑架的人质、和警察们进行了谈判
有恃无恐的威胁这些警察，为了保卫居民们安全，警察们只能忍气吞声放走了他们
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