O某宇宙A
光之国
等离子火花塔的光辉染上一层阴影。
宇宙间爆发了巨大的异变。
受到“奥特之王”的命令，赛罗再次开启了前往多元宇宙的旅程。
同时刻，别宇宙B
“迪迦”奥特曼和“戴拿”奥持曼曾经所活跃的，有地球的世界。
TPC的新领域计划顺利进行，冥王星上己建立起宇宙基地。
甚至为了去往别的宇宙，以亚光速超越时空之壁的战斗机实验正在进行测试！
Super GUTS新人：
“大河望”很崇拜曾经把太阳系从毁灭的危机里拯救出来的飞鸟，希望能和飞鸟相见。
将这强烈的思慕倾诉给队长幸田、副队长良，终于，他成为了实验机的测试飞行员。
2035年，飞鸟消失的15年后。
带着全人类的期盼，实验开启的读秒开始了。
这个时候，在字宙另端出现了怪异的褶曲。
O同时刻，另一个别宇宙C
“高斯”奥特曼所活跃的，有地球的世界。
SRC的新乌托邦计划成功。行星朱兰上，怪兽们的乐园竣工。
以利多利亚斯为首，移居过去的怪兽们已诞下了二代、三代。
在各个生态系和谐的地域里，怪兽之间没有争斗，和平度日。
看着这光景，春野武藏泛起了笑容。
在他身边的是绫乃。二人已婚，并育有5岁的儿子，名字叫“空”
风吹、土井垣从地球出发到访朱兰。
大家欢快享受久违的再聚。这个时候，乐园的上空出现了怪异的褶曲。
O宇宙A
“终极赛罗警备队”的“红莲火焰”、“镜子骑士”、“詹伯特”三人与赛罗齐聚！
他们在字宙空间里发现了漂荡着的奥特曼。
那是传说中的战士，“诺亚”奥特曼。
竟然有人打倒了接近于神存在的战士?!
这怎么可能？
对于无法置信的事态，连“赛罗”他们也动摇，此时，宇宙里出现巨大的褶曲。
因为“诺亚”的阵亡，大宇宙的平衡开始崩坏。
赛罗感受到，这褶曲深处有着庞大的邪恶能量，打倒“诺亚”的敌人绝对就在那彼端。
突如，“贝利亚”的残党“雷吉欧诺伊德军团”向他们发动袭击。
红莲、镜、詹三人留守原处，赛罗孤身前往次元的褶曲里，向尚未见过的别宇宙进发。
O别宇宙B
从宇宙的褶曲里出现无数斯菲亚，并袭击了冥王星基地。
明明已经被飞鸟所歼灭的斯菲亚为何又再次出现？
幸田、良、狩矢、中岛，及新人队员“圆光”(大古与丽娜的女儿)出击。
更为不幸，斯菲亚合成兽新杰尔加诺伊德(曾在火星基地上依附于人造戴拿变形成的超合成兽人)出现了。
良他们奋勇作战，但陷入大危机。此刻，“大河望”驾驶的实验机沦落为了饵食。
这鲁莽的作战直教人联想起往昔的飞鸟。
他和新“杰尔加诺伊德”一同消失于次元的褶曲里。
O别宇宙C
突然，老实的怪兽们狂暴起来，互相争斗。
惊愕的武藏等人使用麻醉弹却不起效果，一扫描仪确认到发狂的怪兽们有“混沌病毒”的反应。
怎么可能?
“混沌病毒”应该已经被高斯净化，升华成了光的存在。
但他们的眼前却出现了混沌黑暗.重生。
怪兽们更加狂暴，绫乃和空面临危险，为了保护他们两入，武藏被怪兽的光线....？
刹那间，高斯奥特曼登场，抵挡住了光线，用“满月光波”平复了怪兽们。
但在“混纯黑暗”的攻势前难以抵挡，倒了下来。
武藏凭借辉石再度与高斯合体，为了守护同伴和怪兽，他挟住混沌黑暗一起消失在了次元的褶曲里。
O次元的罅隙
“大河望”驾驶战斗机和新“杰尔加诺伊德”作战。
“我还要和飞鸟相见呢!怎么能死在这种地方？”
被击中时，“大河望”被抛出机舱。
绝体绝命之时，“赛罗”及时赶到，一发“赛罗集束光线”便将新“杰尔加诺伊德”被击破。
“奥特....”？
“大河望”意识逐渐模糊，赛罗被他的勇气打动，为了拯救“大河望”的性命，与他合为一体。
立刻，次元的褶曲里发生了异变。海啸般的被动袭来，赛罗被卷进了褶曲的深处!
O同时刻，别宇宙B
“Super GUTS”队员们在冥王星的基地里寻找“大河望”的去向。
“大河望”的身上装备着这次实验的核心一一特殊发信器。
只要有这发信器，即使人被抛至其它宇宙也能得知所在地。
但是现在却捕捉不到反应，技术者已经感到绝望。
“不，“大河”队员还活着。”小光说。
作为继承了曾经的迪迦一一“圆大古”之血的她，拥有能够感知远在异地的人的意识的特殊能力。
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