内行厂与锦衣卫的联合调查组，在接到皇帝不容置疑的密旨后，如同出鞘的利剑，再无任何顾忌。京师的诏狱，在短短三日内，便迎来了十余名品阶不低的官员——皆是此前在朝会上言辞激烈，或是在私下串联、散布流言的“清流”。
逮捕过程迅雷不及掩耳。没有预兆，没有廷议，没有给任何人求情或转圜的时间。身着飞鱼服、腰佩绣春刀的锦衣卫直接闯入府邸、衙署，当众宣读皇帝口谕，将面如死灰的官员套上枷锁，拖曳而去。其家眷、仆役亦被即刻控制，府邸查封，以待后续清查。
一时间，京师官场风声鹤唳，人人自危。那些原本还在观望，或是暗中庆幸“民意可用”的势力，顿时噤若寒蝉。他们终于意识到，这一次，皇帝陛下是真的动了雷霆之怒，并且决心以最酷烈的手段，打断一切伸向云南的触手，以及试图借此兴风作浪的念想。
诏狱深处，刑讯并未立刻开始。内行厂掌刑太监只是冷冷地将这些人犯分别关入仅容转身的狭窄石室，断其饮食，只在每日子时，由狱卒提着一盏昏暗的油灯，在长廊中缓缓走过，让那摇曳的光影和沉重的脚步声，一遍遍敲打着囚犯们濒临崩溃的神经。
心理的摧折，有时比肉体的刑罚更为有效。
仅仅两日，便有人熬不住了。一名都察院的六品御史，在无尽的黑暗与寂静中率先崩溃，嘶喊着愿意招供，只求给一盏灯，一口水。他供出了几位同僚私下聚议，如何利用云南“神石”事件，联络地方官员和士绅，试图制造舆论压力，迫使朝廷让步的细节。他甚至颤抖着说出，曾有人隐晦地暗示，若能成功迫使朝廷放弃对矿脉的掌控，或至少引入“公正”（实为利益相关方）的第三方监督，南方某些“商帮”愿奉上“厚礼”。
这份口供，如同第一块被推倒的多米诺骨牌。紧接着，第二个、第三个……恐惧与绝望摧毁了这些平日高谈“气节”的官员的心理防线。他们供述的内容逐渐拼凑起来，指向了一个以江南某致仕阁老家乡为核心、盘根错节的士绅-商人网络。这个网络不仅对新政深恶痛绝，对格物院这类“奇技淫巧”机构充满敌视，更与东南沿海、乃至南洋的一些华商、海寇有着千丝万缕的利益往来。云南“金蛇帮”的线索，正是通过这些复杂的海外贸易与走私网络，隐隐与这个网络产生了联系。
“他们未必清楚‘星骸’与矿脉的真正意义，”内行厂档头在密奏中分析，“但其敏锐地嗅到了其中蕴含的巨大利益——无论是矿石本身可能的价值，还是借此打击格物院、阻挠新政的政治价值。故内外勾结，铤而走险。”
与此同时，远在云南的调查组与当地驻军，也展开了疾风骤雨般的行动。
沐王府（黔国公府）在接到皇帝措辞严厉、隐含问责的密旨后，不敢再有丝毫怠慢。当代黔国公沐天波亲自坐镇，调集精锐土司兵与朝廷驻军混合编队，以剿匪为名，对“金蛇帮”盘踞的几处主要巢穴及可能逃窜的边境通道，发动了多路同时进剿。
战斗在滇西的崇山峻岭与边境密林中激烈展开。“金蛇帮”虽凶悍狡诈，熟悉地形，但在朝廷正规军有备而来的绝对武力碾压下，依然节节败退。数个重要据点被拔除，大量帮众被俘或击毙，囤积的走私货物、武器被查获。
最关键的一战，发生在怒江畔的一处隐秘峡谷。内行厂探员根据线报与拷问俘虏得到的信息，锁定了“金蛇帮”大头目“过山风”及其核心骨干的藏身之处。沐王府调集了最为骁勇的“滇南锐士”三百人，由一名内行厂高手带队，于黎明前发动突袭。
激战从破晓持续到正午。“过山风”及其手下确实悍勇，凭借险要地形负隅顽抗。但朝廷方面准备充分，不仅武力占优，更携带了数具格物院最新配发给精锐部队的“霹雳火”（改良版集束手榴弹）和强弩。最终，负伤被擒的“过山风”在试图咬破衣领毒囊自尽前被卸掉下巴，成了最重要的活口。
对其的审讯在军营中立即展开。内行厂的手段，绝非寻常官府可比。不到一个时辰，“过山风”便精神崩溃，吐露了大量情报。
“金蛇帮”近年确实与濠镜（澳门）的某些葡萄牙商人（主要是被排挤出核心贸易圈、心怀不满的冒险家和小商人团体）搭上了线，为其提供内地走私渠道和某些“特殊货物”的原材料信息。约半年前，有中间人传来巨额悬赏，要求探查云南“神石”的具体位置，并尽可能获取样本，若能干扰或破坏朝廷的勘探，赏金翻倍。中间人并未透露最终雇主，但支付的定金中，有南洋某华商家族的隐秘标记。
“过山风”还供出，在行动前，他们曾接到来自省城方向的“关照”，暗示朝廷勘探队的行程与护卫力量大致情况，让他们“放手去做，事后自有安排”。这条线索，直接指向了云南布政使司衙门中的某个实权官员！
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