如同树木的年轮记录着岁月的增长，工藤新一在日本侦探界的足迹与名望，也随着一桩桩案件的破解而日益扩展、加深。他已不再是那个仅凭灵光一现和过人天赋解决校园谜题或简单凶杀案的少年侦探。他的舞台逐渐拓宽，开始触及到社会光鲜表皮之下，那些更为幽深、盘根错节、甚至弥漫着腐败与血腥气息的领域。在这些更为复杂的案件边缘，如同在黑暗森林边缘嗅到危险气味的猎犬，他开始捕捉到一些模糊不清、却令人隐隐不安的传闻与线索。这些线索如同散落在迷雾中的碎片，指向一个共同且庞大的阴影。
一次，他协助警方调查一位国内顶尖生物化学家离奇失踪案。在那位科学家杂乱无章的私人实验室里，警方找到了一些被部分焚毁的研究笔记。新一在翻阅残页时，注意到一些零散的词句，它们并非专业的化学公式，而是夹杂在实验数据间的、仿佛梦呓般的记录：“……他们又来了，黑色……不容置疑的条件……”、“……资金雄厚，但目标……危险……”、“……Gin？是代号吗？催促进度……不容失败……” 笔记在此处戛然而止，留下烧焦的边缘和无限的遐想。“穿着黑衣的神秘资助方”，这个模糊的形象第一次如同幽灵般，投射在新一的心幕上。
另一次，他跟随目暮警官参与审讯一个刚被捣毁的、从事非法武器零部件走私的跨国犯罪团伙的核心成员。那个满脸横肉、身上纹身遍布的头目，在面对谋杀指控时尚且能强装镇定，但当检察官无意间问及他们的上游供应商和某些特殊材料的最终流向时，男人的脸上瞬间褪去了所有血色，瞳孔因极致的恐惧而收缩，身体不受控制地颤抖起来。他像是听到了什么禁忌的词语，语无伦次地哀求：“别问了！求你们别问了！……我不知道……我什么都不知道！那些‘酒鬼’……他们会杀了我的！一定会杀了我的！他们无处不在！” 无论警方如何追问“酒鬼”是谁，他都紧紧闭着嘴，仿佛那个词本身就会带来死亡。最终，他只从牙缝里挤出几个破碎的音节：“……以酒名……作为代号……比我们可怕……一千倍……” 这个“以酒名作为代号”的、更加恐怖和隐秘的组织形象，伴随着那名悍匪无法伪装的恐惧，深深地刻入了新一的脑海。
还有在他利用课余时间，研究一些涉及巨额洗钱和非法政治献金的金融案件卷宗时——这得益于优作的关系和目暮警官对他能力的信任，允许他接触一些非核心的公开资料。新一发现，几条看似独立的、流向海外的巨额资金链，在经过层层复杂的、遍布开曼群岛和瑞士的空壳公司周转后，其最终消失的节点，都隐约指向了几个看似毫无关联、注册信息模糊的离岸账户。然而，当他尝试用逻辑模型去追溯这些账户背后可能存在的关联时，一种无形的、巨大的阻力感扑面而来。那不是技术上的困难，而是一种仿佛触及到某个庞大存在的触须，感知到其刻意营造的、令人窒息的沉寂与深邃。仿佛所有的线索，最终都沉入了一片名为“组织”的、深不见底的黑暗海洋。
这些零散的、来自不同领域、不同层面的信息，如同磁石般，在他善于整合与推理的大脑中，逐渐指向了一个共同的核心。在一次深夜的书房谈话中，他与刚刚结束小说构思的父亲工藤优作讨论起最近这些令人费解的发现。窗外月色朦胧，书房内只亮着一盏台灯，光线在优作的眼镜片上形成一片反光，巧妙地遮蔽了他眼神深处可能泄露的情绪。
“爸爸，”新一的声音在安静的房间里显得格外清晰，带着一丝探究与凝重，“你在你的写作和研究里，有没有听说过一个……被称为‘黑衣组织’的存在？”
空气似乎凝滞了一瞬。优作放下手中的钢笔，身体微微向后靠在椅背上，双手指尖相对，构成一个经典的思考姿势。他沉默了几秒，仿佛在斟酌词句，然后才用他那惯有的、平稳而富有磁性的嗓音开口，那声音在静谧的夜色中显得格外深沉：“黑衣组织……这个称呼，我确实在一些非公开的渠道，以及某些……边缘化的情报圈子里，有所耳闻。”
他没有看新一，目光似乎落在桌面上摊开的世界地图的某个阴影区域。“根据那些零碎且难以证实的信息拼凑，这似乎是一个……游走在世界阴影缝隙里的庞然大物。它的触角可能伸得非常长，涉及的领域也极其广泛且危险——从受管制的尖端药物研发，到非法的军火贸易，再到全球性的情报窃取与买卖……很多看似独立、却又透着诡异的大事件背后，似乎都若隐若现地晃动着他们的影子。” 他顿了顿，终于将目光转向儿子，那目光穿透镜片，带着前所未有的严肃与告诫，“新一，你记住，这绝非你以往面对的任何罪犯或犯罪集团。如果……我是说如果，在未来的任何案件中，你察觉到了任何一丝可能与这个组织相关的线索，无论那线索看起来多么微不足道，” 他的语气加重，带着不容置疑的力度，“不要好奇，不要自信，更不要试图凭借你个人的力量去深入探查。第一时间告诉我，或者，联系像目暮警官这样绝对值得信赖的资深警务人员。明白吗？这绝非儿戏。”
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